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“大跃进”中，他对中央党校下放干部鼓吹空想社会主义，使个别地方农村社员拆散家庭，按男女分别集中住宿，吃公共食堂。
1964年，把杨献珍讲的“合二而一”诬陷为跟毛泽东讲的“一分为二”唱对台戏，把学术问题当成政治问题来整，开展全国规模的大批判，株连了很多人。还说，凡是赞成“合二而一”的都不能作革命事业接班人。
这次大批判运动，致使忠诚于党的事业的知名学者孙定国被逼自杀，黎明被开除党籍，“文革”中投井自尽。仅中央党校就调出或遣送还乡100多人。1966年“文革”开始，康生、曹轶欧(当时任康生办公室主任)就在中央党校扶植造反派，煽动他们起来造林枫校长的反。康生诬蔑林枫是假党员，是在东北与彭真搞“桃园三结义”反对林彪的人。
“文革”中，康生还挑动群众斗群众，把党校一些群众组织打成反动组织、反革命阴谋集团等，全校教职员工除康生扶持的造反派十多人外，全都“站错了队”。在康、曹的直接指挥下，造反派诬蔑老红军女战士胡莹是刘少奇与蒋介石特务电台的联系人，七斗八斗，把胡莹同志斗成了神经分裂症患者。曹轶欧说：“岳昭这人不好(指当年在短训班工作时不完全听她的话)”，造反派就演绎成“岳昭这人很坏”，把他隔离审查了几个月，致使岳投湖自尽。
1966年8月，毛泽东写了《炮打司令部》大字报后，康生密切配合，立即让中央党校的造反派组织人员写揭批刘少奇的大字报，贴到中南海。分别编印刘少奇、邓小平的“反革命修正主义言论集”广为散发。组织大批判写作组为林彪、“四人帮”摇旗呐喊。江青带着这个写作组和北大、清华两校的大批判写作组到天津，在群众大会上宣布，“我带来的梁效（北大、清华‘两校’的谐音)、唐晓文(‘党校文’的谐音)这两个大批判写作组，都是我的写作组。”
康生还在“四人帮”发动的批林批孔批周公阴谋活动开始的时候，亲自出题目，“柳下跖痛骂孔老二”，让唐晓文撰文，影射攻击周总理。如此等等，不一而足。
康生还诬蔑中央党校的盖子又深又厚又大，他指的是刘少奇担任过中央党校前身——马列学院的院长。他还胡说，中央党校几任校长都是叛徒、特务、走资派，中央党校是反毛泽东思想的顽固堡垒，是修正主义的大染缸，是里通外国的黑据点，是反对无产阶级司令部的联络站。他过去对中央党校的十六字教学方针(学习理论，提高认识，联系实际，增强党性)是极力推崇的，如今却一反常态，说它完全是修正主义的教学方针。
他在“文革”中与林彪、江青互相勾结，狼狈为奸，对杨献珍、林枫两个校长残酷斗争，把他们关进监狱，并诬陷他们是杨家党、林家铺子，株连了党校教职员工很多人。最后把全部教职员工遣送到河南西华中央党校五七干校。康生对他扶植起来担任五七干校领导小组的造反派说，你们下去搞斗批改，或者说斗批散也好。军代表说：五七干校就是无期干校，让你们在这里呆一辈子也可以。康生还把中央党校的校舍几乎全部拱手奉送给林彪的干将黄永胜，作为总参的一部分办公用房和家属宿舍。
中央党校成了“文革”的重灾区。“四人帮”垮台了，但由康生一手扶植起来的造反派仍以中央党校五七干校领导小组的名义掌握着中央党校的领导权，路线不清，是非不明，盖子仍然捂着，康生的阴魂不散。
1977年3月9日，胡耀邦与中央党校部分同志见面，就表示：中央决定我来党校工作，我感到担子很重。但是，有党中央的领导，依靠党校全体同志的共同努力，做好工作，我是充满信心的。他还说：现在全党、全军和全国人民的头等大事是揭批“四人帮”，党校也不能例外。相信大家的认识是一致的，是会把这件大事抓好的。
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