偶看新闻共谋罪:Ubuntu9.10下安装配置lammps,vmd,fortran
来源：百度文库 编辑：偶看新闻 时间：2024/05/01 15:07:21
一。安装VMD
原帖地址http://www.mdbbs.org/thread-13305-1-1.html
安装前需先安装两个软件包
$sudo apt-get install csh
$sudo apt-get install libstdc++5
下载vmd-1.8.7.bin.LINUX.opengl.tar.gz
下载地址：http://www.ks.uiuc.edu/Development/Download/download.cgi
$tar xvzf vmd-1.8.7.bin.LINUX.opengl.tar.gz
$cd vmd-1.8.7
$./configure
$cd src
$sudo make install （提示 "VMD installation complete. Enjoy!" ）
$vmd
出现vmd界面，安装成功。
不同机器需要不同版本，之前下载vmd-1.8.7.bin.LINUXAMD64.opengl.tar.gz，虽然也能安装成功，但是最后输入vmd后会显示找不到vmd_linux命令。
二、安装ssh通信
$sudo vim /etc/hosts
修改此文件如下：
127.0.0.1 localhost
127.0.1.1 lm-desktop
192.168.76.43 lm-desktop
此时可以使用ssh lm-desktop测试ssh通信是否正常。
注：lm-desktop 是你的主机名
安装设置ssh
sudoapt-get install openssh-clientopenssh-server
以设定的用于启动mpi计算的用户登录，运行
ssh-keygen-t rsa #对于所有提示直接回车即可
这将生成一个密钥对，分别存放在~/.ssh/id_rsa和~/.ssh/id_rsa.pub文件内。
然后进行访问授权，运行：
cp ~/.ssh/id_rsa.pub ~/.ssh/authorized_keys
chmod go-rwx~/.ssh/authorized_keys
ssh-agent $SHELL
ssh-add
以上配置ssh完毕。
三、编译安装lammps
安装前首先要安装fftw,mpich
1.安装fftw
下载fftw-2.1.5.tar.gz 下载地址：http://www.fftw.org/download.html
$tar xvzf fftw-2.1.5.tar.gz
$cd fftw-2.1.5
$sudo ./configure --prefix=/opt/mathlib/fftw215-gnu –enable-float
$sudo make
$sudo make install
2.安装mpich
下载mpich.tar.gz下载地址：http://www.sccas.cn/gb/learn/learn1/200604110001.html
$tar xvzf mpich.tar.gz
$cd mpich-1.2.7p1/
$./configure--prefix=/opt/mpich-gnu -rsh=ssh
$sudo make
$sudo make install
3.安装lammps
下载地址：http://lammps.sandia.gov/download.html
要切换到根用户
$sudo -i
$tar xvzf lammps-upgrade.tar.gz
$cd lammps-28Oct08/
$cd src
$gedit MAKE/Makefile.linux
修改mpich和fftw的安装路径.把里面的内容替换为如下内容
# linux = RedHat Linux box, Intel icc, MPICH2, FFTW
SHELL = /bin/sh
# ---------------------------------------------------------------------
# compiler/linker settings
# specify flags and libraries needed for your compiler
CC = icc
CCFLAGS = -O -DLAMMPS_GZIP -DFFT_FFTW -DMPICH_IGNORE_CXX_SEEK -I/opt/mathlib/fftw215-gnu/include -I/opt/mpich-gnu/include
DEPFLAGS = -M
LINK = icc
LINKFLAGS = -O
LIB = -lstdc++
ARCHIVE = ar
ARFLAGS = -rc
SIZE = size
# ---------------------------------------------------------------------
# LAMMPS-specific settings
# specify settings for LAMMPS features you will use
# LAMMPS ifdef options, see doc/Section_start.html
LMP_INC = -DLAMMPS_GZIP
# MPI library, can be src/STUBS dummy lib
# INC = path for mpi.h, MPI compiler settings
# PATH = path for MPI library
# LIB = name of MPI library
MPI_INC = -DMPICH_IGNORE_CXX_SEEK
MPI_PATH = -L/opt/mpich-gnu/lib
MPI_LIB = -lmpich -lpthread
# FFT library, can be -DFFT_NONE if not using PPPM from KSPACE package
# INC = -DFFT_FFTW, -DFFT_INTEL, -DFFT_NONE, etc, FFT compiler settings
# PATH = path for FFT library
# LIB = name of FFT library
FFT_INC = -DFFT_FFTW
FFT_PATH = -L/opt/mathlib/fftw215-gnu/lib
FFT_LIB = -lfftw
# additional system libraries needed by LAMMPS package libraries
# these settings are IGNORED if the corresponding LAMMPS package
# (e.g. gpu, meam) is NOT included in the LAMMPS build
# SYSLIB = names of libraries
# SYSPATH = paths of libraries
gpu_SYSLIB = -lcudart
meam_SYSLIB = -lifcore -lsvml -lompstub -limf
reax_SYSLIB = -lifcore -lsvml -lompstub -limf
user-atc_SYSLIB = -lblas -llapack -latc
gpu_SYSPATH = -L/usr/local/cuda/lib64
meam_SYSPATH = -L/opt/intel/fce/10.0.023/lib
reax_SYSPATH = -L/opt/intel/fce/10.0.023/lib
user-atc_SYSPATH = -L/home/wlfhg/lammps-30Mar10/lib/atc
# ---------------------------------------------------------------------
# build rules and dependencies
# no need to edit this section
include Makefile.package
EXTRA_INC = $(LMP_INC) $(PKG_INC) $(MPI_INC) $(FFT_INC)
EXTRA_PATH = $(PKG_PATH) $(MPI_PATH) $(FFT_PATH) $(PKG_SYSPATH)
EXTRA_LIB = $(PKG_LIB) $(MPI_LIB) $(FFT_LIB) $(PKG_SYSLIB)
# Link target
$(EXE): $(OBJ)
$(LINK) $(LINKFLAGS) $(EXTRA_PATH) $(OBJ) $(EXTRA_LIB) $(LIB) -o $(EXE)
$(SIZE) $(EXE)
# Library target
lib: $(OBJ)
$(ARCHIVE) $(ARFLAGS) $(EXE) $(OBJ)
# Compilation rules
%.o:%.cpp
$(CC) $(CCFLAGS) $(EXTRA_INC) -c $<
%.d:%.cpp
$(CC) $(CCFLAGS) $(EXTRA_INC) $(DEPFLAGS) $< > $@
# Individual dependencies
DEPENDS = $(OBJ:.o=.d)
include $(DEPENDS)
保存后退出
$make linux
4.编译xmovie小工具
原帖地址http://www.mdbbs.org/viewthread.php?tid=8265&highlight=xmovie
xmovie是lammps附带的一个小工具，可以很方便的查看dump文件。在RedHat下，xmovie直接make就可以通过，但在ubuntu下编译还需要先安装一些额外的包。
打开“系统”=>“系统管理”=>“新立得软件包管理器”
在“新立得”中，以“libx”为关键词，搜索并安装以下各包：
libxaw7 libxaw7-dev libxt6 libxt6-dev
进入到“xmovie”所在目录，执行如下命令：make
在“xmovie”文件夹中会产生一个名为“xmovie”的可执行文件。
四、安装fortran
安装前需要先安装其他程序
$sudo apt-get install build-essential
$sudo apt-get install libstdc++5
下载非商业版fortran包l_cprof_p_11.1.064_ia32.tgz
下载地址：https://registrationcenter.intel.com/RegCenter/AutoGen.aspx?ProductID=1322&AccountID=&EmailID=&ProgramID=&RequestDt=&rm=NCOM?=
下载需要输入你的邮箱，然后会给你的邮箱发个序列号和licence
$tar xvzf l_cprof_p_11.1.064_ia32.tgz
$cd l_cprof_p_11.1.064_ia32
$sudo /.install.sh
然后根据默认选择，输入序列号，最后accept，安装成功。
验证安装，可以执行命令$ifort-v
提示ifortcommand cann't found，不急。打开主文件夹下.bashrc文件，在最后加入一行命令source/opt/intel/Compiler/11.1/064/bin/ifortvars.sh ia32 ，保存退出，再执行命令$ifort-v
一切ok。
原帖地址http://www.mdbbs.org/thread-13305-1-1.html
安装前需先安装两个软件包
$sudo apt-get install csh
$sudo apt-get install libstdc++5
下载vmd-1.8.7.bin.LINUX.opengl.tar.gz
下载地址：http://www.ks.uiuc.edu/Development/Download/download.cgi
$tar xvzf vmd-1.8.7.bin.LINUX.opengl.tar.gz
$cd vmd-1.8.7
$./configure
$cd src
$sudo make install （提示 "VMD installation complete. Enjoy!" ）
$vmd
出现vmd界面，安装成功。
不同机器需要不同版本，之前下载vmd-1.8.7.bin.LINUXAMD64.opengl.tar.gz，虽然也能安装成功，但是最后输入vmd后会显示找不到vmd_linux命令。
二、安装ssh通信
$sudo vim /etc/hosts
修改此文件如下：
127.0.0.1 localhost
127.0.1.1 lm-desktop
192.168.76.43 lm-desktop
此时可以使用ssh lm-desktop测试ssh通信是否正常。
注：lm-desktop 是你的主机名
安装设置ssh
sudoapt-get install openssh-clientopenssh-server
以设定的用于启动mpi计算的用户登录，运行
ssh-keygen-t rsa #对于所有提示直接回车即可
这将生成一个密钥对，分别存放在~/.ssh/id_rsa和~/.ssh/id_rsa.pub文件内。
然后进行访问授权，运行：
cp ~/.ssh/id_rsa.pub ~/.ssh/authorized_keys
chmod go-rwx~/.ssh/authorized_keys
ssh-agent $SHELL
ssh-add
以上配置ssh完毕。
三、编译安装lammps
安装前首先要安装fftw,mpich
1.安装fftw
下载fftw-2.1.5.tar.gz 下载地址：http://www.fftw.org/download.html
$tar xvzf fftw-2.1.5.tar.gz
$cd fftw-2.1.5
$sudo ./configure --prefix=/opt/mathlib/fftw215-gnu –enable-float
$sudo make
$sudo make install
2.安装mpich
下载mpich.tar.gz下载地址：http://www.sccas.cn/gb/learn/learn1/200604110001.html
$tar xvzf mpich.tar.gz
$cd mpich-1.2.7p1/
$./configure--prefix=/opt/mpich-gnu -rsh=ssh
$sudo make
$sudo make install
3.安装lammps
下载地址：http://lammps.sandia.gov/download.html
要切换到根用户
$sudo -i
$tar xvzf lammps-upgrade.tar.gz
$cd lammps-28Oct08/
$cd src
$gedit MAKE/Makefile.linux
修改mpich和fftw的安装路径.把里面的内容替换为如下内容
# linux = RedHat Linux box, Intel icc, MPICH2, FFTW
SHELL = /bin/sh
# ---------------------------------------------------------------------
# compiler/linker settings
# specify flags and libraries needed for your compiler
CC = icc
CCFLAGS = -O -DLAMMPS_GZIP -DFFT_FFTW -DMPICH_IGNORE_CXX_SEEK -I/opt/mathlib/fftw215-gnu/include -I/opt/mpich-gnu/include
DEPFLAGS = -M
LINK = icc
LINKFLAGS = -O
LIB = -lstdc++
ARCHIVE = ar
ARFLAGS = -rc
SIZE = size
# ---------------------------------------------------------------------
# LAMMPS-specific settings
# specify settings for LAMMPS features you will use
# LAMMPS ifdef options, see doc/Section_start.html
LMP_INC = -DLAMMPS_GZIP
# MPI library, can be src/STUBS dummy lib
# INC = path for mpi.h, MPI compiler settings
# PATH = path for MPI library
# LIB = name of MPI library
MPI_INC = -DMPICH_IGNORE_CXX_SEEK
MPI_PATH = -L/opt/mpich-gnu/lib
MPI_LIB = -lmpich -lpthread
# FFT library, can be -DFFT_NONE if not using PPPM from KSPACE package
# INC = -DFFT_FFTW, -DFFT_INTEL, -DFFT_NONE, etc, FFT compiler settings
# PATH = path for FFT library
# LIB = name of FFT library
FFT_INC = -DFFT_FFTW
FFT_PATH = -L/opt/mathlib/fftw215-gnu/lib
FFT_LIB = -lfftw
# additional system libraries needed by LAMMPS package libraries
# these settings are IGNORED if the corresponding LAMMPS package
# (e.g. gpu, meam) is NOT included in the LAMMPS build
# SYSLIB = names of libraries
# SYSPATH = paths of libraries
gpu_SYSLIB = -lcudart
meam_SYSLIB = -lifcore -lsvml -lompstub -limf
reax_SYSLIB = -lifcore -lsvml -lompstub -limf
user-atc_SYSLIB = -lblas -llapack -latc
gpu_SYSPATH = -L/usr/local/cuda/lib64
meam_SYSPATH = -L/opt/intel/fce/10.0.023/lib
reax_SYSPATH = -L/opt/intel/fce/10.0.023/lib
user-atc_SYSPATH = -L/home/wlfhg/lammps-30Mar10/lib/atc
# ---------------------------------------------------------------------
# build rules and dependencies
# no need to edit this section
include Makefile.package
EXTRA_INC = $(LMP_INC) $(PKG_INC) $(MPI_INC) $(FFT_INC)
EXTRA_PATH = $(PKG_PATH) $(MPI_PATH) $(FFT_PATH) $(PKG_SYSPATH)
EXTRA_LIB = $(PKG_LIB) $(MPI_LIB) $(FFT_LIB) $(PKG_SYSLIB)
# Link target
$(EXE): $(OBJ)
$(LINK) $(LINKFLAGS) $(EXTRA_PATH) $(OBJ) $(EXTRA_LIB) $(LIB) -o $(EXE)
$(SIZE) $(EXE)
# Library target
lib: $(OBJ)
$(ARCHIVE) $(ARFLAGS) $(EXE) $(OBJ)
# Compilation rules
%.o:%.cpp
$(CC) $(CCFLAGS) $(EXTRA_INC) -c $<
%.d:%.cpp
$(CC) $(CCFLAGS) $(EXTRA_INC) $(DEPFLAGS) $< > $@
# Individual dependencies
DEPENDS = $(OBJ:.o=.d)
include $(DEPENDS)
保存后退出
$make linux
4.编译xmovie小工具
原帖地址http://www.mdbbs.org/viewthread.php?tid=8265&highlight=xmovie
xmovie是lammps附带的一个小工具，可以很方便的查看dump文件。在RedHat下，xmovie直接make就可以通过，但在ubuntu下编译还需要先安装一些额外的包。
打开“系统”=>“系统管理”=>“新立得软件包管理器”
在“新立得”中，以“libx”为关键词，搜索并安装以下各包：
libxaw7 libxaw7-dev libxt6 libxt6-dev
进入到“xmovie”所在目录，执行如下命令：make
在“xmovie”文件夹中会产生一个名为“xmovie”的可执行文件。
四、安装fortran
安装前需要先安装其他程序
$sudo apt-get install build-essential
$sudo apt-get install libstdc++5
下载非商业版fortran包l_cprof_p_11.1.064_ia32.tgz
下载地址：https://registrationcenter.intel.com/RegCenter/AutoGen.aspx?ProductID=1322&AccountID=&EmailID=&ProgramID=&RequestDt=&rm=NCOM?=
下载需要输入你的邮箱，然后会给你的邮箱发个序列号和licence
$tar xvzf l_cprof_p_11.1.064_ia32.tgz
$cd l_cprof_p_11.1.064_ia32
$sudo /.install.sh
然后根据默认选择，输入序列号，最后accept，安装成功。
验证安装，可以执行命令$ifort-v
提示ifortcommand cann't found，不急。打开主文件夹下.bashrc文件，在最后加入一行命令source/opt/intel/Compiler/11.1/064/bin/ifortvars.sh ia32 ，保存退出，再执行命令$ifort-v
一切ok。
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