马蜂窝 我的登山路线图:生化笔记

来源:百度文库 编辑:偶看新闻 时间:2024/04/30 03:20:24
生物化学笔记
第八章 核苷酸代谢
核苷酸的生理功能
l     作为核酸合成的原料
l     体内能量的利用形式
l     参与代谢和生理调节 (cAMP)
l     组成辅酶
l     活化中间代谢物(SAM)
第一节      嘌呤核苷酸代谢
一、嘌呤核苷酸的合成代谢
(一)嘌呤核苷酸的从头合成途径
1、嘌呤核苷酸的从头合成途径:是指利用磷酸戊糖、氨基酸、一碳单位及二氧化碳等简单物质为原料,经过一系列酶促反应,合成嘌呤核苷酸的途径。
2、原料:5-磷酸核糖、谷氨酰胺、一碳单位、甘氨酸、CO2 和天冬氨酸
3、场所:胞液
4、关键酶:磷酸核糖焦磷酸合成酶(PRPP合成酶)、酰胺转移酶
5、GTP作为供能分子
6、嘌呤核苷酸从头合成特点
(1)在磷酸核糖分子上逐步合成嘌呤环结构
(2)先形成IMP,然后在单磷酸水平上转变成AMP、GMP。
(二)嘌呤核苷酸的补救合成
(二)脱氧(核糖)核苷酸的生成
无论是嘌呤脱氧核苷酸还是嘧啶脱氧核苷酸,都是通过相应的核糖核苷酸(NDP)水平直接还原而成(N代表A、C、U、G等碱基)。
二、嘌呤核苷酸的分解代谢
1、尿酸是人体嘌呤碱代谢的终产物。
2、临床上常用促进尿酸排泄或抑制尿酸形成的药物治疗痛风症
临床药物:别嘌呤醇
机制:在体内氧化为别黄嘌呤,可通过竞争性抑制黄嘌呤氧化酶,减少尿酸生成。
第十章 DNA的生物合成
基因:是为生物活性产物编码的DNA功能片段,这些产物主要是蛋白质或各种RNA。
第一节 DNA复制的基本特征
1、复制:以亲代DNA分子两条链为模板,合成两个子代DNA分子的过程。
复制的基本特征(规律):⑴半保留复制 ⑵双向复制 ⑶半不连续 ⑷高保真性
2、密度梯度离心实验证明了半保留复制
3、复制叉:解链可以在一个起点开始,向两个方向进行,每个解链方向上解开的单链与未解开的双链连在一起,形成类似于叉子地结构。
4、双向复制:在复制起始点上解链后形成两个复制叉,均可继续进行解链,沿着两个方向形成的单链,均可作为模板指导新链延伸,故称为双向复制。
5、冈崎片段:互补链中不连续合成的片段。
6、领头链:新合成的链中有一条链延伸方向与复制叉前进方向是一致的,能顺利地连续进行,称为领头链。
随从链:另一条链延伸方向与复制叉前进方向相反,称随从链。
7、半不连续复制:由于DNA中一条链可连续合成(领头链),而另一条链是分段合成(随从链),故称为半不连续复制。
第二节 DNA复制的反应体系
1、DNA复制的反应体系组成有:①模板 ②DNA聚合酶 ③底物 ④引物 ⑤蛋白质因子、拓扑异构酶、DNA单链结合蛋白、引物酶、DNA连接酶
2、原核生物大肠杆菌E.col中三种DNA聚合酶的比较
DNA polⅠ
DNA pol Ⅱ
DNA pol Ⅲ
生物学活性
⑴ 5′→ 3′聚合酶活性
聚合活性低

聚合活性高
⑵ 3′→ 5′外切酶活性



⑶ 5′→ 3′外切酶活性



功能
①校读作用
②修复填补
无其他酶时发挥作用
①主要的复制酶
②校读作用
注:3′→ 5′外切酶起校读功能;
5′→ 3′外切酶起修复和切除底物的功能。
3、真核生物中的5种DNA聚合酶
DNA-pol α:起始引发,有引物酶活性。
β:参与低保真度的复制。
δ:复制的主要酶,有解旋酶活性。
ε:校读、修复和填补缺口的作用。
γ:在线粒体DNA复制中起催化作用。
(5种酶都有 5′→ 3′聚合酶活性和5′→ 3′外切酶活性,
γ、δ、ε还具有核酸外切酶活性)
4、DNA复制的高保真性至少要依赖三种机制:
⑴遵守严格的碱基配对规律。
⑵聚合酶在复制延长时对碱基的选择功能。
⑶复制出错时DNA-pol的及时校读功能。
第三节 DNA 复制过程
1、引物:短链RNA分子,DNA复制的起始点。
2、复制子:真核生物基因组复制时,有多个复制起始点,均可向两个方向进行解链,两个复制起始点之间构成一个复制单位,叫复制子。
3、端粒、指真核生物染色体线性DNA分子末端的结构。
第四节 DNA损失、突变和修复
1、突变:遗传物质的改变而引起的遗传信息的改变。
2、突变的意义:①是进化、分化的分子基础
②导致基因型改变
③是某些疾病的发病基础
④导致死亡
3、点突变 ⑴转换:同型碱基之间的改变。
⑵颠换:不同型碱基之间的改变。
4、切除修复是细胞内最重要和有效的修复机制。
第五节 反转录现象和反转录酶
1、逆转录酶:以DNA为模板,四种dNTP(脱氧的三磷酸核苷酸)为原料,在逆转录酶的催化下,合成与RNA互补的DNA单链的过程。
2、逆转录酶的三种活性:①依赖RNA的DNA聚合酶活性
②依赖DNA的DNA聚合酶活性
③RNA酶活性
第十一章  RNA的生物合成
复制和转录的区别
复制                                   转录
模板          两股链均复制,              模板链转录(不对称转录)
原料             dNTP  ;                            NTP
酶          依赖DNA的DNA聚合酶 ;        依赖DNA的RNA聚合酶
兼有核酸外切酶活性           无核酸外切酶活性
产物        子代双链DNA                   mRNA, tRNA , rRNA
(半保留复制);
碱基配对     A-T,G-C;                        A-U,T-A,G-C
引物            需要                              不需要
加工修饰      不需要                                需要
第一节      反应的转录体系
1、不对称转录:在DNA双链上,一股链用作模板指引转录,另一股链不转录,而且模板链并非总是在同一单链上。转录的这种选择性称为不对称转录。
2、模板链:DNA双链中按碱基配对规律指引转录生成 RNA 的一股单链。
3、原核生物RNA聚合酶四种亚基的功能
四种亚基的功能分别为:
α亚基:决定哪些基因被转录。
β亚基:含催化部位,起催化作用,催化形成磷酸二酯键,与转录全过程有关。
β’亚基:结合DNA模板。
σ亚基:识别转录起始点。
4、操纵子:原核生物DNA分子中的每一个转录区段可视为一个转录单位,称为操纵子。
5、顺式作用元件:是指存在于真核生物DNA分子上的,能影响自身基因表达活性的DNA序列。包括启动子、增强子、沉默子等。
6、反式作用因子:能直接或间接辨认和结合转录上游区段DNA序列的蛋白质
7、mRNA的转录后加工:加帽、加尾、剪接、编辑
8、断裂基因:真核生物结构基因,由若干个编码区和非编码区互相间隔开但又连续镶嵌而成,去除非编码区再连接后,可翻译出由连续氨基酸组成的完整蛋白质,这些基因称为断裂基因。
9、外显子:在断裂基因及其初级转录产物上出现,并表达为成
熟RNA的核酸序列。
内含子:隔断基因的线性表达而在剪接过程中被除去的核酸序列。
10、mRNA编辑:这种加工过程是遗传信息在转录水平发生改变,由一个基因产生一种不止一种蛋白质的基因。
RNA编辑的生物学意义
·增加了基因产物的多样性
·与生物发育与分化有关,是基因调控的一种重要方式
11、核酶:具有催化功能的RNA。
第十二章 蛋白质的生物合成
1、参与蛋白质生物合成的物质:
原料:20种氨基酸
模板:mRNA
运载体:tRNA
场所:核蛋白体(rRNA与蛋白质构成)
蛋白质因子:起始因子(IF)、延长因子(EF)、释放因子(RF)
其他:酶类、ATP、GTP、无机离子等
2、遗传密码:mRNA分子上从5¢至3¢方向,从AUG开始,每3个相邻核苷酸为一组,决定肽链上某一个氨基酸或蛋白质合成的起始、终止信号,这种三联体形式的核苷酸序列称为密码子(coden)。
共有64个密码子,
起始密码(initiation coden): AUG
有意义密码子61个。
终止密码(termination coden): UAA,UAG,UGA
61组密码编码20种氨基酸(有意义密码)
3、开放阅读框架:从mRNA 5¢端起始密码子AUG到3¢端终止密码子之间的核苷酸序列,称为开放阅读框架。
4、遗传密码的特点:
(1)方向性(2)连续性(3)简并性(4)摆动性(5)通用性
简并性:指由一种以上密码子编码同一种氨基酸的现象。
(蛋氨酸和色氨酸除外)
摆动性: 转运氨基酸的tRNA上的反密码子需要通过碱基互补与mRNA上的遗传密码子反向配对结合,但反密码子与密码子之间不严格遵守常见的碱基配对规律,称为摆动配对。
按从5¢至3¢方向,摆动配对常出现在反密码子的第1位碱基与密码子的第3位碱基之间。
5、氨基酰-tRNA合成酶具有绝对专一性
起始氨基酰-tRNA
真核生物:Met-tRNAiMet
原核生物:fMet-tRNAifMet
6、蛋白质生物合成过程
原核生物起始复合物的形成过程:
(1) 核蛋白体大小亚基分离(IF3,IF1)
(2) mRNA在小亚基上定位结合
(3)起始氨基酰-tRNA与mRNA结合(IF2,GTP)
(4)核蛋白体大亚基结合
真核生物起始复合物的形成过程:
(1)核蛋白体大小亚基分离;
(2)起始氨基酰-tRNA与mRNA结合
(3)mRNA在核蛋白体小亚基就位;
(4)核蛋白体大亚基结合。
7、原核生物的肽链延长过程:进位、成肽、转位
8、
抗生素
抑菌机制
链酶素、卡那霉素
与原核生物小亚基结合,引起读码错误,抑制起始与延长。
四环素、土霉素
与原核生物小亚基A位结合,抑制氨基酰-tRNA进位
氯霉素
与原核生物大亚基结合,阻断翻译延长过程 ,高浓度时对真核生物也有作用。
嘌呤霉素
结构与酪氨酰-tRNA相似,取代氨基酰-tRNA进入A位,使肽链延长终止
放线菌素
特异抑制真核生物核蛋白体转肽酶,只限于科研
红霉素
与原核生物大亚基结合,阻止核蛋白体在mRNA上移动
第十三章 基因表达调控
第一节      基因表达调控的基本原理
1、         基因:能为生物活性物质(RNA/pro)
2、         基因结构:DNA编码序列、非编码调控序列、内含子
3、        基因组:一个细胞、病毒或生物个体所携带的全部遗传信息或整套基因。
4、         基因表达(gene expression) :指基因经过转录和翻译,产生具有特异生物学功能的蛋白质分子/RNA分子的过程。
5、        基因表达调控:是指细胞或生物体在接受环境信号刺激时或适应环境变化的过程中在基因表达水平上做出应答的分子机制。
6、         基因表达的规律性
(1)           时间特异性:按功能需要,某一特定基因的表达严格按特定的时间顺序发生,称之为基因表达的时间特异性。
(2)           空间特异性:在个体生长、发育过程中,一种基因产物在个体的不同组织器官表达,即在个体的不同空间出现,称之为基因表达的空间特异性。
7、        管家基因:某些基因在一个生物个体的几乎所有细胞中持续表达,通常被称为管家基因。
8、        组成型基因表达(基本表达): 无论表达水平高低,管家基因很少受环境因素影响,只受启动序列/启动子与RNA聚合酶相互作用的影响,而不受其它机制的调控,这类基因表达被视为组成性(基本)基因表达.
9、         诱导:可诱导基因在特定环境中表达增强的过程,称为诱               导。
遏制:可阻遏基因表达产物水平降低的过程称为阻遏。
10、协调表达:在一定机制控制下,功能上相关的一组基因,无论其为何种表达方式,均需协调一致、共同表达,即为协调表达,又称为协调调节。
11、基因表达的方式:基本表达、诱导和阻遏表达
12、基因表达调控的生物学意义:
(1)适应环境、维持生长和增殖
(2)维持个体发育与分化
13、转录起始是基因表达的基本控制点
14、基因转录起始调节的因素:
(1)特异DNA序列决定基因的转录活性
(2)调节蛋白可以增强或抑制转录活性
(3)DNA-蛋白质、蛋白质-蛋白质相互作用
(4)RNA聚合酶