汽车框架撞变形了:常用的生物信息学网址大全，非常全面

常用的生物信息学网址大全，非常全面
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www.shumo.cn    时间：2006-12-26 13:42:58　　来源： 　　点击：3761 
用生物信息学数据库和分析工具网址
 
数据库
 
因特网网址
 
网上生物信息学教程　 EMBL biocomputing tutorials　
 
http://www.bio.cam.ac.uk/Embnetut/Gcg/index.html Plant genome dababase tutorial
 
http://www.nal.usda.gov/pgdic 　
 
生物信息学机构　
 
NCBI
 
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
 
International Nucleotide Sequence Database Collaboration.
 
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/collab/ EBI
 
http://www.ebi.ac.uk/ USDA
 
http://www.nal.usda.gov/ Sanger Centre
 
http://genomic.sanger.ac.uk/ 北京大学生物信息学中心
 
http://www.cbi.pku.edu.cn 　
 
数据库信息发布及其它　
 
GenBank Release Notes
 
ftp://ncbi.nlm.nih.gov/genbank/gbrel.txt
 
dbEST summary report
 
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbEST/dbESTsummarv.html
 
EMBL release notes　　　
 
http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/show man?embl
 
DDBJ release notes　　　
 
http://www.ddbj.nig.ac.jp/ddbjnew/ddbj relnote.html
 
Eukaryotic promoter database release notes
 
http://www.genome.ad.jp/dbget/dbget2.html
 
SwissProt release notes　　　
 
http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/show man?swissprot
 
PIR release notes　
 
http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/show man?pir
 
PRF release notes
 
http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/show man?prf
 
PDBSTR release notes　　　
 
http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/show man?pdbstr
 
Prosite release notes　　　
 
http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/show man?prosite
 
PDB release notes　　　
 
http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/show man?pdb
 
KEGG release notes　　　
 
http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/show man?pathway 　
 
核苷酸数据库　
 
GenBank
 
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
 
dbEST
 
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbEST/index.html
 
dbSTS
 
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbSTS/index.html dbGSS
 
http://www2.ncbi.nlm.nih.gov/dbGSS/index.html
 
Genome (NCBI)
 
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez/Genome/org.html
 
dbSNP
 
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/SNP/
 
HTGS
 
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/HTGS/
 
UniGene
 
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/UniGene/ EMBL核苷酸数据库　　　
 
http://www.ebi.ac.uk/embl Genome (EBI)
 
http://www.ebi.ac.uk/genomes/ 向EMBL数据库提交序列
 
http://www.ebi.ac.uk/embl/Submission/webin.html DDBJ　　
 
http://www.ddbj.nig.ac.jp/ Plant R gene database
 
http://www.ncgr.org/rgenes 　 　
 
启动子数据库　
 
Eukaryotic promoter database
 
http://www.epd.isb-sib.ch
 
http://www.genome.ad.jp/dbget/dbget2.html 　
 
转录因子数据库　 FRANSFAC
 
http://transfac.gbf.de ooTFD
 
http://www.ifti.org 　 蛋白质数据库　 SWISS-PROT或TrEMBL　　　
 
http://www.ebi.ac.uk/swissprot/
 
http://www.expasy.ch/sprot/ PIR
 
http://www-nbrf.georgetown.edu/pir/ PRF　　　
 
http://www.prf.or.jp/ PDBSTR
 
http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/www bfind?pdbstr-today Prosite　　
 
http://www.expasy.ch/sprot/prosite.html 　
 
结构数据库　 PDB　　　
 
http://www.rcsb.org/pdb
 
http://www.pdb.org NDB　　　
 
http://ndbserver.rutgers.edu/NDB/ndb.html
 
http://ndbserver.rutgers.edu/ DNA-Binding Protein Database
 
http://ndbserver.rutgers.edu/NDB/structure-finder/dnabind/index.html NMR Nucleic Acids Database
 
http://ndbserver.rutgers.edu/NDB/structure-finder/nmr/index.html Protein Plus Database
 
http://ndbserver.rutgers.edu/NDB/structure-finder/protein/index.html Swiss 3Dimage　　
 
http://www.expasy.ch/sw3d/ SCOP　　
 
http://scop.mrc-lmb.cam.ac.uk/scop/ CATH　　
 
http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/cath/ 　 酶、代谢和调控路径数据库　 KEGG　
 
http://www.genome.ad.jp/kegg/kegg2.html Enzyme Nomenclature Database　　　
 
http://expasy.hcuge.ch/sprot/enzyme.html Protein Kinase Resource (PKR)
 
http://www.sdsc.edu/kinases/ LIGAND　　　
 
http://www.genome.ad.jp/dbget/ligand.html WIT　　　
 
http://www.cme.msu.edu/WIT/ EcoCyc　
 
http://ecocyc.PangeaSystems.com/ecocyc/ UM-BBD　　　
 
http://www.labmed.umn.edu/umbbd/
 
多种代谢路径数据库
 
http://www.unl.edu/stc-95/ResTools/biotools/biotools8.html
 
基因调控路径数据库(TRANSPATH)
 
http://transfac.gbf.de 　
 
基因组数据库　 日本水稻基因组数据库(RGP)
 
http://rgp.dna.affrc.go.jp 华大水稻基因组框架图
 
http://www.genomics.org.cn 欧洲水稻测序（第12染色体）
 
http://www.genoscope.cns.fr 拟南芥基因组数据库
 
http://www.arabidopsis.org USDA Database　
 
http://www.nal.usda.gov/ Demeter’s Genomes
 
http://genome.cornell.edu RiceGenes　　
 
http://genome.cornell.edu/cgi-bin/WebAce/webace?db=ricegenes RiceBlastDB　
 
http://genome.cornell.edu/cgi-bin/WebAce/webace?db=riceblastdb FlyBase
 
http://flybase.bio.indiana.edu/.bin/fbidq.html?FBgn0003075 Mouse Genome Informatics
 
http://www.informatics.jax.org/bin/query_accession?id=MGI:97555 Saccharomyces Genome Database
 
http://genome-www.stanford.edu/cgi-bin/dbrun/SacchDB?find+Locus+%22PGK1%22 多种基因组数据库
 
http://www.hgmp.mrc.ac.uk/GenomeWeb 　 文献数据库　 PubMed
 
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/PubMed/ OMIM
 
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Omim/ Agricola
 
http://www.nal.usda.gov/ag98/ 　
 
关键词为基础的数据库检索　 Entrez　　
 
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez/ Entrez Nucleotide Sequence Search　
 
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez/nucleotide.html Entrez Protein Sequence Search　
 
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez/protein.html Batch Entrez　
 
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Entrez/batch.html Sequence Retrieval System, India
 
http://bioinfo.ernet.in:80/srs5/ Sequence Retrieval System, Singapore　　　
 
http://www.bic.nus.edu.sg:80/srs5/ Sequence Retrieval System, US　
 
http://iubio.bio.indiana.edu:80/srs/srsc Sequence Retrieval System, UK　
 
http://srs.ebi.ac.uk/ GetEntry Nucleotide & Protein Sequence Search
 
http://ftp2.ddbj.nig.ac.jp:8000/getstart-e.html Database Search with Key Words　
 
http://ftp2.ddbj.nig.ac.jp:8080/dbsearch-e-new.html DBGET/LinkDB　
 
http://www.genome.ad.jp/dbget/dbget2.html 　
 
序列为基础的数据库检索　 BLAST　
 
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST/ FASTA　
 
http://www2.ebi.ac.uk/fasta3/ BLITZ　　
 
http://www2.ebi.ac.uk/bicsw/ SSearch
 
http://www2.igh.cnrs.fr/bin/ssearch-guess.cgi Electronic PCR
 
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/STS/ Proteome analysis
 
http://www.ebi.ac.uk/proteome/ 　
 
多序列分析　 Clustal multiple sequence alignment
 
http://dot.imgen.bcm.tmc.edu:9331/multi-align/Options/clustalw. html BCM
 
http://dot.imgen.bcm.tmc.edu:9331/multi-align/multi-align.html EBI ClustalW analysis
 
http://www.ebi.ac.uk 　 系谱分析　 PAUP　　
 
http://onyx.si.edu/PAUP/ EBI ClustalW analysis
 
http://www.ebi.ac.uk GCG package　　　
 
http://www.gcg.com/ PHYLIP
 
http://evolution.genetics.washington.edu/phylip.html MEGA/METREE
 
http://www.bio.psu.edu/imeg Hennig86　　　
 
http://www.vims.edu/~mes/hennig/software.html GAMBIT
 
http://www.lifesci.ucla.edu/mcdbio/Faculty/Lake/Research/Programs/ MacClade　　
 
http://phylogeny.arizona.edu/macclade/macclade.html Phylogenetic analysis
 
http://www.unl.edu/stc-95/ResTools/biotools/biotools2.html 　
 
基因结构预测分析　 GENSCAN　
 
http://genes.mit.edu/GENSCAN.html GeneFinder
 
http://genomic.sanger.ac.uk/gf/gf.shtml
 
http://www.softberry.com/nucleo.html Gene Feature Searches　　　
 
http://dot.imgen.bcm.tmc.edu:9331/ Grail　　　
 
http://compbio.ornl.gov/Grail-1.3/ GrailEXP
 
http://grail.lsd.ornl.gov/grailexp/ GeneMark
 
http://genemark.biology.gatech.edu/GeneMark/hmmchoice.html Veil　
 
http://www.cs.jhu.edu/labs/compbio/veil.html AAT　　　
 
http://genome.cs.mtu.edu/aat.html GENEID
 
http://www.imim.es/GeneIdentification/Geneid/geneid_input.html Genlang　
 
http://cbil.humgen.upenn.edu/~sdong/genlang_home.html GeneParser　
 
http://beagle.colorado.edu/~eesnyder/GeneParser.html Glimmer
 
http://www.cs.jhu.edu/labs/compbio/glimmer.html MZEF　　
 
http://www.cshl.org/genefinder Procrustes　　
 
http://www-hto.usc.edu/software/procrustes/ 　
 
蛋白质结构预测分析　 Expasy　
 
http://www.expasy.ch/ Predicting protein secondary structure
 
http://dot.imgen.bcm.tmc.edu:9331/pssprediction/pssp.html Predicting protein 3D Structures　　　
 
http://dove.embl-heidelberg.de/3D/ Predicting protein structures
 
http://dot.imgen.bcm.tmc.edu:9331/seq-search/struc-predict.html 　
 
其它分析工具和软件　 Putative DNA Sequencing Errors Check　　
 
http://www.bork.embl-heidelberg.de/Frame/ MatInspector
 
http://www.gsf.de/cgi-bin/matsearch.pl FastM　　
 
http://www.gsf.de/cgi-bin/fastm.pl Web Signal Scan　
 
http://www.dna.affrc.go.jp/htdocs/sigscan/signal.html BCM Search Launcher　　　
 
http://dot.imgen.bcm.tmc.edu:9331/seq-util/seq-util.html Webcutter　　
 
http://www.firstmarket.com/cutter/cut2.html Translate DNA to protein　　
 
http://www.expasy.ch/tools/dna.html ABIM　　
 
http://www-biol.univ-mrs.fr/english/logligne.html sequence motifs: 　 Pfam　　　
 
http://www.sanger.ac.uk/Pfam/
 
http://pfam.wustl.edu/ ProDom
 
http://protein.toulouse.inra.fr/prodom.html PRINTS
 
http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/dbbrowser/PRINTS/ 　
 
其它　 多种数据库、分析工具和生物信息学机构
 
http://www.unl.edu/stc-95/Restools/biotools 多种数据库和分析工具
 
http://www.ebi.ac.uk/Tools/ Comparative sequence analysis
 
http://www.bork.embl-heidelberg.de/ 　 功能基因组分析　 Transcription profiling technologies
 
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/ncicgap/expression_tech_info.html Protocols for cDNA array technology　　
 
http://cmgm.stanford.edu/pbrown/array.html Data management and analysis of gene expression arrays
 
http://www.nhgri.nih.gov/DIR/LCG/15k/HTML/
 
Examples of commercially available filter arrays: 　 GeneFiltersTM (Research Genetics)　　　
 
http://www.resgen.com Gene Discovery Arrays (Genome Systems)　　　
 
http://www.genomesystems.com AtlasTM Arrays (CLONTECH)　　
 
http://www.clontech.com