从司法角度来看，本案堪称法律史上最伟大的判例。它在美国宪法史上有着极为重要的地位，奠定了近代司法权真正的权威；在全世界范围而言，这个判例也是开创违宪审查的先河。这一被称为“司法审查”制度的创制，虽然具有偶然性，但在经历了两百多年和全世界70多个国家的效法的时空检验后，被证明具有伟大的意义。
本案被马歇尔大法官形容的“微妙”、“新奇”和“困难”，正是一个典型的党派政治斗争事件却必须由堂而皇之的司法程序来解决的写照。权利之争引发最后的任命
1803年在“马伯里诉麦迪逊”一案中确立起来的联邦司法审查制度，是当时美国统治阶级内部两大派矛盾斗争的产物。1800年大选结果，联邦党人约翰·亚当斯总统落选，民主党候选人托马斯·杰弗逊当选。
面临大选失败的联邦党当然不甘心。他们在失去行政和立法主导权力的情况下，将眼光自然放在了司法权的争夺上。1800年12月，亚当斯总统任命国务卿马歇尔为首席大法官。与此同时，仍由联邦党人控制的国会也赶在其任职终了前匆忙通过了两部关于联邦法院组织的法律：《巡回法院法》和《哥伦比亚特区组织法》。前者将巡回法院的数量从三个增加到六个，新增16名法官；又在华盛顿特区增加了五个地区法院，每个地区还增加一名检察官和一名联邦执法官。后者在人口稀少但临近首都的各县设立42名治安法官。前者设立的官职都已由忠诚的联邦党人顺利赴任；后者设立的42名治安法官由于时间紧迫直到3月3日，即亚当斯总统任期的最后一天才予以任命。按照规定，这些任命必须在当天午夜前经参议院同意、总统签署、国务卿盖章后才能生效。马歇尔国务卿在这天夜里忙得团团转，才最终确认42名法官都已盖章完成了任命手续。但由于时间仓促，直到第二天仍有17份任命状未及送出。
第二天，杰斐逊就任美国第三届总统。以他为首的民主共和党对于联邦党人在离任前的做法十分痛恨。因此一旦权力到手，立即开始回击。首先，杰斐逊立即命令他的国务卿麦迪逊扣押尚未送出的17份委任状，将它们像垃圾一样的处理了。接着，新一届国会于1802年3月8日成功地废除了《巡回法院法案》，以此削弱联邦司法权。最后，为了防止马歇尔控制的最高法院的对抗，新国会以法令的形式迫使最高法院从1801年12月至1803年2月关闭了14个月之久。
马伯里诉诸法庭
马伯里就是被任命为治安法官而又未拿到委任状的人当中的一个。为此，马伯里与其他几个同样没有拿到委任状的人一起起诉，请求联邦最高法院判令麦迪逊颁发委任状。这真是一场奇特的政治斗争，似乎一切都是在法律的范围内进行，但实际上还是谁有权谁说了算。
马歇尔大法官在上任之初的头一个案子就是要直接抗衡行政权，不难想象他当时处境的微妙和困难：一方面他非常想利用这个千载难逢的机遇建立联邦最高司法权威，乘机也教训政治对手。但他也深知如果对方不理睬，判决将成为历史的笑柄；另一方面如果不予审理，则无论最高法院还是他本人将更难以面对国人。本案堪称绝妙的判决就产生于这两难境界之中。
马歇尔宣布司法审查原则
马歇尔首先作了一个试探：要求麦迪逊国务卿解释不发任命状的理由。果不其然，被告根本不予理睬。如果强行判决，后果当然也是如此。所以马歇尔做出了一份斩钉截铁而又不需要任何人执行或者“理睬”的判决：“本院认为，委任状一经总统签署，任命即为作出；一经国务卿加盖合众国国玺，委任状即为完成。”因此对马伯里的任命有效；“本院认为：马伯里有权利得到委任状：拒发委任状侵犯了他的权利，他的国家的法律为此对他提供救济。”最后，他又话锋一转说，最高法院无权发出法院强制执行令。
这个判决妙处在于：它自认无权却是在有权审查国会通过的法律是否合宪的前提下作出的。马歇尔在判决中写道：“应该强调的是，确定法律是什么是司法部门的权限和职责。那些把规则适用于具体案件的人们，必定有必要对规则进行阐释和解释。假如两个法律相互冲突，法院必须决定哪一个适用。所以，假如法律与宪法相抵触，假如法律和宪法都适用某一具体案件，法院必须确定，要么该案件适用法律，而不顾宪法；要么适用宪法，而不管法律。法院必须决定这些相互冲突的规则中哪一个管辖该案。这就是司法职责的本质。”
显然，他认为宪法是至高无上的、是受人崇敬的，法院只能、只应当服从宪法，适用宪法，而且法官受命时是要对宪法宣誓效忠的。他就联邦国会立法权的界线、宪法的最高法律地位、法院何以有审查法律的权力等问题作了长篇的论证，明确宣布“违宪的法律不是法律”、“阐明法律的意义是法院的职权”。由此他得出结论，《1789年司法法》是违宪的，无效的，不能适用于本案，因而驳回了马伯里的请求。由此，开创了美国联邦最高法院审查国会法律的先例。
一个政治案子的完结 一个伟大时代的开始
这个案子本身了结了，而它产生的宪法价值和影响却是深远的、巨大的，因为马歇尔代表最高法院所做的判决理由涉及到一个宪法的最基本的原则——法院有权对国会立法进行违宪审查，如果发现国会所立之法与宪法相抵触，法院有权宣布它无效，不予执行。
由此，本案判决奠定了“司法审查”制度的理论原则和实践基础。事实上，当时美国政治斗争的两党领袖和骨干们几乎都是美国的开国元勋。他们的斗争是次要的，而在共和、民主、法治等问题的理念上是基本一致的，因而往往能在政治上达成“伟大的妥协”，这才是历史的主流。马歇尔正是清醒地认识到这一点，才能作出如此伟大的判决。他以回避政治上的正面冲突换得了司法权威的真正确立，他的智慧足以流传千古。
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