市政图纸符号大全:生物信息数据库大全！！！(推荐） - 生物科学 - 小木虫 - 学术 科研 第一站

★ INSD,国际核酸序列数据库（International Nucleotide Sequence Databank）。由日本的DDBJ、欧洲的EMBL和美国的GenBank三家各自建立和共同维护。

★ EMBL库，欧洲分子生物学实验室的DNA和RNA 序列库。http://www.ebi.ac.uk/embl.html 

★ GenBank ，美国国家生物技术信息中心 （NCBI）所维护的供公众自由读取的、带注释的DNA序列的总数据库。http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Web/Genbank/ 

★ DNA Databank of Japan (DDBJ) ，日本核酸数据库。 http://www.ddbj.nig.ac.jp/ 

★ GSDB是由美国国家基因组资源中心（NCGR）维护的DNA序列关系数据库（Genome Sequence DataBase）。 http://www.ncgr.org/gsdb/ 

★ TIGR DATAbase,是世界上最大的cDNA数据库，还有大量的EST序列和人类基因索引（HGI）。 http://www.tigr.org/tdb/hcd/overview.html 



DNA序列数据库

包括与DNA的复制、转录、修复等有密切关系的蛋白质因子。
★BioSino是中国自主开发的核酸序列公共数据库。
http://www.biosino.org/ 
★CUTG,MM子使用频度表。
http://www.dna.affrc.go.jp/~nakamura/CUTG.html 
http://www.kazusa.or.jp/codon/ 
http://www.dna.affrc.go.jp/~nakamura/CUTG.html 
★EPD,真核生物启动子数据库（Eukaryotic Promotor Database）。
http://www.epd.isb-sib.ch/ 
★TRANSFAC,真核生物基因表达调控因子的数据库。
http://transfac.gbf.de/TRANSFAC 
★ TRRD.真核生物基因组转录调控区数据库。
http://www.mgs.bionet.nsc.ru/mgs/dbases/trrd4/ 
★OOTFD,转录因子和基因表达数据库。
http://www.ifti.org/ 
★RepBase,真核生物DNA中重复序列数据库。
http://www.girinst.org/~server/repbase.html 
★ MicroSatellite,微卫星重复序列数据库。
http://nmnhgoph.si.edu/gopher-menus/MicroSatelliteDatabase.html 
★ALU数据库是人及其他灵长类代表性的Alu重复片段。
http://ncbi.nlm.nih.gov(/pub/jmc/alu/) 
★ Simple Repeats,简单重复序列库。
http://ncbi.nlm.nih.gov 
★COMPEL,复合元件数据库。
ftp://ftp.gbf-braunschweig.de(/pub/compel/) 
★MPDB,分子探针数据库。
http://www.biotech.ist.unige.it/interlab/mpdb.html 
★HvrBase,灵长类mtDNA调控区序列库，主要是人的HVI和HVII两个高变异区的序列。
http://monolith.eva.mpg.de/hvrbase/ 
★PlantCARE,植物顺式作用(cis-acting)调控因子数据库。
http://sphinx.rug.ac.be:8080/PlantCare/ 
★PLACE是从文献中搜集的植物顺式作用调控元件DNA模体的数据库,只涉及维管植物。
http://www.dna.affrc.go.jp/htdocs/PLACE/ 
ftp://ftp.dna.affrc.go.jp(/pub/dna_place/place.seq)
★Mendel数据库,搜集植物STS和EST序列。 
http://jiio6.jic.bbsrc.ac.uk/ 
★HOX Pro同源异型盒(homeobox)基因数据库。
http://spirov.iephb.nw.ru/hox_pro/hox-pro00.html 
★OPD,寡核苷酸探针数据库(Oligonucleotide Probe Database)。
http://www.cme.msu.edu/OPD/ 
★dbSTS,序列标记位点(Sequence Tagged Sites)数据库。
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbSTS/ 
ftp://ncbi.nlm.nih.gov(/repository/dbSTS) 
★dbEST.这是GenBank的重要组成部分,它包含若干物种的已表达的序列标记信息. 

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/dbEST/ 
ftp://ncbi.nlm.nih.gov(/repository/dbEST) 
★AmmtDB,后生动物线粒体DNA多序列联配数据库,搜集了脊椎动物线粒体中编码蛋白质和tRNA的多DNA序列对比数据,以及哺乳动物mtDNA主调控区序列联配数据. 
http://bio-www.ba.cnr.it:8000/BioWWW/#AMMTDB 
★HOVERGEN,脊椎动物同源基因数据库(HOmologous VERtebrate GENes)。
http://acnuc.univ-lyon1.fr/ 
ftp://ftp.infobiogen.fr(/pub/db/acnuc/hovergen) 
★ DNA结构参数库. 
ftp://transfac.gbf.de(/pub/structure_library) 
★ NUCLEOSOME数据库,收集实验测定的核小体数据,用于预测DNA中与组蛋白八聚体结合的位点. 
ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/nucleosomal_dna/ 
★ SELEX_DB,随机化序列库. 
http://www.mgs.bionet.nsu.ru/mgs/systems/selex/ 
★ ASDB,交替剪接基因的数据库. 
http://hattrick.lbl.gov:8888/ 
★Intronerator,秀丽线虫内含子和交替剪接数据库。
http://www.cse.ucse.edu/~kent/intronerator/ 
★IDB和IEDB前者是内含子序列数据库，后者是内含子演化数据库。
http://numeg.bio.indiana.edu/intron/index.html 
★EID,外显子、内含子数据库。
http://mcb.havard.edu/gilbert/EID/ 
★ExInt,外显子、内含子数据库。
http://intron.bic.nus.edu.sg/rint/exint.html 
★NDB,核酸晶体结构数据库。
ftp://ndbserver.rutgers.edu/ 
http://dnbserver.rutgers.edu/NDB/ndb.html 
★VectorDB,载体数据库。
http://vectordb.atcg.com/ 
★Vector和Vector-ig,包分子生物学常用的许多载体的注释和序列信息。
ftp://ncbi.nlm.nig.gov(/repository/vetcor-ig) 
ftp://ncbi.nlm.nig.gov(/repository/vector) 


RNA序列和核糖体数据库:

★1993年成立的RNA学会，在出版RNA刊物同时，还维护着两个信息网页：
http://www.pitt.edu/~rna1/ 
http://www.cup.org/Journals/JNLSCAT/rRNA/rna.html 
★snoRNA,小核仁RNA数据库。
http://www.bio.umass.edu/biochem ... noRNA-DataBase.html 
★Small RNA数据库。
http://mbcr.bcm.tmc.edu/smallRNA/smallrna.html 
★RNAse P数据库，包含RNA水解酶P的RNA亚基序列、联配、二级结构和三维模型
。http://jwbrown.mbio.ncsu.edu/RNAseP/home.html 
★tmRNA网点。包含 tmRNA序列、公认蛋白质水解标记、序列联配、确定新tmRNA的导引，以及简要综述等。
http://www.indiana.edu/~tmrna/ 
★tmRDB.已经联配好的、加有注释的、按亲缘关系排列的tmRNA序列数据。
http://psyche.uthct.edu/dbs/tmRDB/tmRDB.html 
★gRNA,导引RNA数据库。
http://www.biochem.mpg.de/~goeringe/ 
★SRPDB,信号识别粒子数据库。
http://psyche.uthct.edu/dbs/SRPDB/SRPDB.html 
★TransTerm,信使RNA的组分和翻译控制信号数据库。
http://biochem.otago.ac.nz/Transterm/ 
l 类病毒和类病毒样RNA数据库。
http://www.callisto.si.usherb.ca/~jpperra/ 
★UTRdb和UTRsite。UTRdb是真核生物mRNA的5’端和3’端非翻译区序列的非冗余数据库，UTRsite搜集这些非翻译区序列中的功能片段。
http://bigarea.area.ba.cnr.it:8000/EmbIT/UTRHome/ 
★ncRNA,似mRNA的非编码RNA数据库。
http://www.man.poznan.pl/5Sdata/ncRNA/index.html 
★RNAmods,RNA修饰数据库。
http://www-medlib.med.utah.edu/RNAmods/RNAmods.html 
ftp://medlib.med.utah.edu(/library/RNAmods) 
★AARSDB,酰氨基tRNA合成酶数据库。
http://rose.man.poznan.pl/aars/index.html 
★tRNA序列和基因、结构与功能数据库。
http://www.uni-bayreuth.de/departments/biochemie/trna/ 
★PLMItRNA基于FastA的绿色植物线粒体tRNA分子和tRNA基因的数据库。
http://bio-www.ba.cnr.it:8000/srs6/ 
http://www.ebi.ac.uk/services/ 
★16SMDB、16S-likeMDB 、16SMDBexp 、23SMDB、 23S-likeMDBexp数据库，是一批16S和23S核糖体RNA突变数据库。
http://www.fandm.edu/departments/biology/databasee/rna.html 
ftp://acad.fandm.edu(/nar/) 
★RNA www,RNA二级结构网页，也有16S RNA和23S RNA的数据。
http://pundit.colorado.edu:8080/RNA/ 
★uRNADB,已经联配好的、加有注释的、按亲缘关系排列的uRNA序列数据。
http://psyche.uthct.edu/dbs/uRNADB/uRNADB.html 
★U-insertion/deletion,编辑序列数据库，包含5个无脊椎动质体目物种的线粒体基因和编辑后的mRNA序列。
http://www.lifesci.ucla.edu/RNA/trypanosome/database.html 
★PseudoBase,假扭结数据库。
http://www.bio.leidenuniv.nl/~Batenburg/PKB.html 
★RDP,核糖体数据库计划。包含小亚基和大亚基的两部分rRNA,由已联配的RNA序列以及亲缘树组成。
http://www.cme.smu.edu/RDP/
http://rdpwww.life.uiuc.edu/ 
http://rdp.life.uiuc.edu(/pub/) 
★SSU rRNA欧洲核糖体小亚基RNA结构数据库。
http://rrna.uia.ac.be/ssu/ 
★LSU rRNA欧洲核糖体大亚基RNA结构数据库。
http://rrna.uia.ac.be/lsu/ 
★5S rRNA数据库。
http://rose.man.poznan.pl/5Sdata/index.html 
★DRC,核糖体交链数据库。
http://www.mpimg-berlin-dahlem.mpg.de/~ag_ribo/ag_brimacombe/drc/ 
★ACTIVITY,DNA和RNA中功能位点数据库。
http://www.mgs.bionet.nsu.ru/systems/Activity/ 
★RNA非正则配对数据库。
http://prion.bchs.uh.edu/bp_type/ 


基因图谱数据库:

★Rhdb,辐射杂交数据库。
http://www.ebi.ac.uk/RHdb 
http://corbra.ebi.ac.uk/Rhdb/species/HUMAN/gm99.html 
ftp://ftp.ebi.ac.uk(/pub/databases/RHdb) 

★Mouse RH数据库。
http://www-genome.wi.mit.edu/mouse_rh/ 

★GDB,人类基因组数据库。
http://www.gdb.org/ 
ftp://ftp.gdb.org 

★GeneMap’99,人类基因图谱1999年版。
http://www.ncbi.nih.gov/genemap/ 

★HuGeMap,人类基因遗传图谱和物理图谱的分布式集成数据库。
ftp://ftp.ebi.ac.uk(/pub/databases/RHdb/gm99.map)