偶看新闻猴子矢量图:123
来源：百度文库 编辑：偶看新闻 时间：2024/04/19 00:32:02
一、生物信息学软件简介
（一）分类
单机分析软件，如：winplas
在线分析软件， 如：webcutter
生物学数据库，如：NCBI, DDBJ, EBI
（二）意义
1.分析和处理实验数据和公共数据，加快研究进度，缩短科研时间。
2.提示、指导、替代实验操作，利用对实验数据的分析所得的结论设计下一阶段的实验。
3.用计算机管理实验数据。
（三）常用功能（核酸类）
DNA 序列片断拼接----Contig Express
DNA序列测定图谱分析
分析mRNA开放读框
限制性酶切位点分析
DNA 模拟电泳
PCR 引物设计
RNA二级结构分析
常用功能（蛋白质类）
蛋白质一级结构分析（氨基酸分析）
蛋白质二级结构分析（结构域分析）
蛋白质三级结构分析（空间结构分析）
常用功能（共同类）
DNA、蛋白质序列同源分析
进化树构建
常用功能（其它类）
质粒绘图类
图象处理软件
二、DNA 序列片断拼接（电子基因克隆）
获得感兴趣的EST，在dbEST数据库中找出EST的最有途径是寻找同源序列，标准：长度≥100bp，同源性50%以上、85%以下。
然后将检出序列组装为重叠群（contig），以此重叠群为被检序列，重复进行BLAST检索与序列组装，延伸重叠样系列，重复以上过程，直到没有更多的重叠EST检出或者说重叠群序列不能继续延伸，有时可获得全长的基因编码序列。
再与GeneBank核酸数据库进行相似性检测，假如有精确匹配基因，将EST序列数据据EST六种阅读框翻译成蛋白质，接着与蛋白质序列数据库进行比较分析。
Vector NTI 5.2 中的contig Express
Contig Express软件：
Sequencer软件：
ftp://genecodes.com/pub/SequencherPC.zip
举例说明使用
三、DNA序列测定图谱分析
Chromas软件：http://www.technelysium.com.au/chromas230.exe
四、限制性核酸内切酶位点的分析
（一）定义：
限制性核酸内切酶（restriction endonuclease）
识别DNA的特异序列，并在识别位点或其周围切割双链DNA的一类内切酶。即一类能识别双链DNA分子中特异核苷酸序列的DNA水解酶。
是细菌内存在的保护性酶。分为I、II、III三类。
其中的II类限制性核酸内切酶是重组DNA技术中的重要工具酶。
II类酶识别序列特点为回文结构，大多为 4~6 bp 回文结构（palindrome sequence），
如EcoRI 识别序列：
n5’GAATTC 3’ 5’GGATCC 3’
3’CTTAAG 5’ 3’CCTAGG 5’
限制性核酸内切酶命名
Smith和Nathame命名原则（1973）
属名 + 种名 + 株名 + 流水
例如： 流感噬血杆菌d株
（Haemophilus influengae d）
Hind Ⅰ
Hind Ⅱ
Hind Ⅲ
Hind Ⅳ
常用的限制性核酸内切酶酶切序列
限制酶 识别序列及切口 限制酶 识别序列及切口
Alu Ⅰ AG/CT Hind Ⅲ A/AGCTT
TC/GA TTCGA/A
BamHⅠ G/GATCC SalⅠ G/TCGAC
CCGAG/G CAGCT/G
BglⅠ A/GATCT SmaⅠ CCC/GGG
TCTAG/A GGG/CCC
EcoRⅠ G/AATTC
CTTAA/G
CTTAA/G
（二）分析步骤：
利用Vector NTI软件：
http://register.informaxinc.com/solutions/
vectornti/molecular_viewer.html
该软件输入文件格式广泛，除了molecule documents (.gb) 是该公司本身文件格式外，还能识别各种数据库应用格式软件：EMBL,GenBank,FASTA,Sequence files. 可以查找特定序列，ORF（可以设置相关参数），描述载体、限制酶位点、一些功能序列和附注。整个界面由文本、图形和序列三部分构成，而且点击任意的序列、RE、基因，图形和序列均会自动标记到相应位置，非常直观方便。 载体可以圆形表示也可以线形表示。 还可进行核酸到蛋白的翻译等功能。
利用webcutter 2.0在线免费软件分析：
http://www.firstmarket.com/cutter/cut2.html
或：
http://www.ccsi.com/firstmarket/cutter
DNAStar、DNAClub、DNATool 等其他商业软件均能分析。
以DNAClub为例说明。
（一）分类
单机分析软件，如：winplas
在线分析软件， 如：webcutter
生物学数据库，如：NCBI, DDBJ, EBI
（二）意义
1.分析和处理实验数据和公共数据，加快研究进度，缩短科研时间。
2.提示、指导、替代实验操作，利用对实验数据的分析所得的结论设计下一阶段的实验。
3.用计算机管理实验数据。
（三）常用功能（核酸类）
DNA 序列片断拼接----Contig Express
DNA序列测定图谱分析
分析mRNA开放读框
限制性酶切位点分析
DNA 模拟电泳
PCR 引物设计
RNA二级结构分析
常用功能（蛋白质类）
蛋白质一级结构分析（氨基酸分析）
蛋白质二级结构分析（结构域分析）
蛋白质三级结构分析（空间结构分析）
常用功能（共同类）
DNA、蛋白质序列同源分析
进化树构建
常用功能（其它类）
质粒绘图类
图象处理软件
二、DNA 序列片断拼接（电子基因克隆）
获得感兴趣的EST，在dbEST数据库中找出EST的最有途径是寻找同源序列，标准：长度≥100bp，同源性50%以上、85%以下。
然后将检出序列组装为重叠群（contig），以此重叠群为被检序列，重复进行BLAST检索与序列组装，延伸重叠样系列，重复以上过程，直到没有更多的重叠EST检出或者说重叠群序列不能继续延伸，有时可获得全长的基因编码序列。
再与GeneBank核酸数据库进行相似性检测，假如有精确匹配基因，将EST序列数据据EST六种阅读框翻译成蛋白质，接着与蛋白质序列数据库进行比较分析。
Vector NTI 5.2 中的contig Express
Contig Express软件：
Sequencer软件：
ftp://genecodes.com/pub/SequencherPC.zip
举例说明使用
三、DNA序列测定图谱分析
Chromas软件：http://www.technelysium.com.au/chromas230.exe
四、限制性核酸内切酶位点的分析
（一）定义：
限制性核酸内切酶（restriction endonuclease）
识别DNA的特异序列，并在识别位点或其周围切割双链DNA的一类内切酶。即一类能识别双链DNA分子中特异核苷酸序列的DNA水解酶。
是细菌内存在的保护性酶。分为I、II、III三类。
其中的II类限制性核酸内切酶是重组DNA技术中的重要工具酶。
II类酶识别序列特点为回文结构，大多为 4~6 bp 回文结构（palindrome sequence），
如EcoRI 识别序列：
n5’GAATTC 3’ 5’GGATCC 3’
3’CTTAAG 5’ 3’CCTAGG 5’
限制性核酸内切酶命名
Smith和Nathame命名原则（1973）
属名 + 种名 + 株名 + 流水
例如： 流感噬血杆菌d株
（Haemophilus influengae d）
Hind Ⅰ
Hind Ⅱ
Hind Ⅲ
Hind Ⅳ
常用的限制性核酸内切酶酶切序列
限制酶 识别序列及切口 限制酶 识别序列及切口
Alu Ⅰ AG/CT Hind Ⅲ A/AGCTT
TC/GA TTCGA/A
BamHⅠ G/GATCC SalⅠ G/TCGAC
CCGAG/G CAGCT/G
BglⅠ A/GATCT SmaⅠ CCC/GGG
TCTAG/A GGG/CCC
EcoRⅠ G/AATTC
CTTAA/G
CTTAA/G
（二）分析步骤：
利用Vector NTI软件：
http://register.informaxinc.com/solutions/
vectornti/molecular_viewer.html
该软件输入文件格式广泛，除了molecule documents (.gb) 是该公司本身文件格式外，还能识别各种数据库应用格式软件：EMBL,GenBank,FASTA,Sequence files. 可以查找特定序列，ORF（可以设置相关参数），描述载体、限制酶位点、一些功能序列和附注。整个界面由文本、图形和序列三部分构成，而且点击任意的序列、RE、基因，图形和序列均会自动标记到相应位置，非常直观方便。 载体可以圆形表示也可以线形表示。 还可进行核酸到蛋白的翻译等功能。
利用webcutter 2.0在线免费软件分析：
http://www.firstmarket.com/cutter/cut2.html
或：
http://www.ccsi.com/firstmarket/cutter
DNAStar、DNAClub、DNATool 等其他商业软件均能分析。
以DNAClub为例说明。