南瓜园官网:细菌分类表
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本表以LPSN网站的分类为基础(当前版本2008年1月7日),本分类代表原核生物分类的权威杂志IJSEM的分类系统,同时参考NCBI Taxonomy,但目前其它中文维基分类表可能依照其它标准,请注意其区别。
中文名称采用惯例(包括网上搜索途径)以及拉丁名直接意译,部分参考《细菌名称》第二版,拉丁文意译参考原核生物名称(英文)网站。翻译问题欢迎在原文中添加或者在讨论页中提出。
本表列到属级。 后面带*者为尚未被IJSEM杂志确认的分类。
参见:细菌。
目录
[隐藏]- 1 酸杆菌门(Acidobacteria)
- 1.1 酸杆菌纲(Acidobacteria)
- 1.2 全噬菌纲(Holophagae)
- 2 放线菌门(Actinobacteria)(高G+C革兰氏阳性菌)
- 2.1 放线菌纲(Actinobacteria)
- 3 产水菌门(Aquificae)
- 3.1 产水菌纲(Aquificae)
- 4 拟杆菌门(Bacteroidetes)
- 4.1 拟杆菌纲(Bacteroidetes)
- 4.2 黄杆菌纲(Flavobacteria)
- 4.3 鞘脂杆菌纲(Sphingobacteria)
- 4.4 纲未定
- 5 衣原体门(Chlamydiae)
- 5.1 衣原体纲(Chlamydiae)
- 6 绿菌门(Chlorobi)
- 6.1 绿菌纲(Chlorobia)
- 7 绿弯菌门(Chloroflexi)
- 7.1 厌氧绳菌纲(Anaerolineae)
- 7.2 暖绳菌纲(Caldilineae)
- 7.3 绿弯菌纲(Chloroflexi)
- 8 产金菌门(Chrysiogenetes)
- 8.1 产金菌纲(Chrysiogenetes)
- 9 蓝藻门(Cyanobacteria)
- 9.1 蓝藻纲(Cyanobacteria)
- 10 脱铁杆菌门(Deferribacteres)
- 10.1 脱铁杆菌纲(Deferribacteres)
- 11 异常球菌-栖热菌门(Deinococcus-Thermus)
- 11.1 异常球菌纲(Deinococci)
- 12 网团菌门(Dictyoglomi)
- 12.1 网团菌纲(Dictyoglomi)
- 13 纤维杆菌门(Fibrobacteres)
- 13.1 纤维杆菌纲(Fibrobacteres)
- 14 厚壁菌门(Firmicutes)(低G+C革兰氏阳性菌)
- 14.1 芽孢杆菌纲(Bacilli)
- 14.2 梭菌纲(Clostridia)
- 14.3 热石杆菌纲(Thermolithobacteria)
- 15 梭杆菌门(Fusobacteria)
- 15.1 梭杆菌纲(Fusobacteria)
- 16 芽单胞菌门(Gemmatimonadetes)
- 16.1 芽单胞菌纲(Gemmatimonadetes)
- 17 黏胶球形菌门(Lentisphaerae)
- 17.1 黏胶球形菌纲(Lentisphaerae)
- 18 硝化螺旋菌门(Nitrospirae)
- 18.1 硝化螺旋菌纲(Nitrospira)
- 19 浮霉菌门(Planctomycetes)
- 19.1 浮霉菌纲(Planctomycetacia)
- 20 海绵杆菌门(Poribacteria)*
- 21 变形菌门(Proteobacteria)
- 21.1 α-变形菌纲(Alphaproteobacteria)
- 21.2 β-变形菌纲(Betaproteobacteria)
- 21.3 δ-变形菌纲(Deltaproteobacteria)
- 21.4 ε-变形菌纲(Epsilonproteobacteria)
- 21.5 γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria)
- 22 螺旋体门(Spirochaetes)
- 22.1 螺旋体纲(Spirochaetes)
- 23 柔膜菌门(Tenericutes)
- 23.1 柔膜菌纲(Mollicutes)
- 24 热脱硫杆菌门(Thermodesulfobacteria)
- 24.1 热脱硫杆菌纲(Thermodesulfobacteria)
- 25 热微菌门(Thermomicrobia)
- 25.1 热微菌纲(Thermomicrobia)
- 26 热袍菌门(Thermotogae)
- 26.1 热袍菌纲(Thermotogae)
- 27 疣微菌门(Verrucomicrobia)
- 27.1 丰祐菌纲(Opitutae)
- 27.2 疣微菌纲(Verrucomicrobiae)
- 28 门未定
- 28.1 纤线杆菌纲(Ktedonobacteria)
[编辑] 酸杆菌门(Acidobacteria)
[编辑] 酸杆菌纲(Acidobacteria)
- 酸杆菌目(Acidobacteriales)
- 酸杆菌科(Acidobacteriaceae)
- 酸杆菌属(Acidobacterium)
- (Edaphobacter)
- (Terriglobus)
- 酸杆菌科(Acidobacteriaceae)
[编辑] 全噬菌纲(Holophagae)
- 石鳖杆菌目(Acanthopleuribacterales)
- 石鳖杆菌科(Acanthopleuribacteraceae)
- 石鳖杆菌属(Acanthopleuribacter)
- 石鳖杆菌科(Acanthopleuribacteraceae)
- 全噬菌目(Holophagales)
- 全噬菌科(Holophagaceae)
- 地发菌属(Geothrix)
- 全噬菌属(Holophaga)
- 全噬菌科(Holophagaceae)
[编辑] 放线菌门(Actinobacteria)(高G+C革兰氏阳性菌)
[编辑] 放线菌纲(Actinobacteria)
- 酸微菌亚纲(Acidimicrobidae)
- 酸微菌目(Acidimicrobiales)
- 酸微菌亚目(Acidimicrobineae)
- 酸微菌科(Acidimicrobiaceae)
- 酸微菌属(Acidimicrobium)
- (Iamiaceae)
- (Iamia)
- 酸微菌科(Acidimicrobiaceae)
- 酸微菌亚目(Acidimicrobineae)
- 酸微菌目(Acidimicrobiales)
- 放线菌亚纲(Actinobacteridae)
- 放线菌目(Actinomycetales)
- 放线菌亚目(Actinomycineae)
- 放线菌科(Actinomycetaceae)
- 放线棒菌属(Actinobaculum)
- 放线菌属(Actinomyces)
- 隐秘杆菌属(Arcanobacterium)
- (Falcivibrio)
- 动弯杆菌属(Mobiluncus)
- (Varibaculum)
- 放线菌科(Actinomycetaceae)
- (Actinopolysporineae)
- (Actinopolysporaceae)
- (Actinopolyspora)
- (Actinopolysporaceae)
- (Catenulisporineae)
- (Actinospicaceae)
- (Actinospica)
- (Catenulisporaceae)
- (Catenulispora)
- (Actinospicaceae)
- 棒杆菌亚目(Corynebacterineae)
- 棒杆菌科(Corynebacteriaceae)
- (Bacterionema)
- (Caseobacter)
- 棒杆菌属(Corynebacterium)
- (Turicella)
- 迪茨氏菌科(Dietziaceae)
- 迪茨氏菌属(Dietzia)
- 分枝杆菌科(Mycobacteriaceae)
- 分枝杆菌属(Mycobacterium) (含结核杆菌)
- 诺卡氏菌科(Nocardiaceae)
- 戈登氏菌属(Gordonia)
- (Micropolyspora)
- (Millisia)
- 诺卡氏菌属(Nocardia)
- 红球菌属(Rhodococcus)
- 斯科曼氏菌属(Skermania)
- (Williamsia)
- (Smaragdicoccus)
- (Segniliparaceae)
- (Segniliparus)
- 束村氏菌科(Tsukamurellaceae)
- 束村氏菌属(Tsukamurella)
- 棒杆菌科(Corynebacteriaceae)
- 弗兰克氏菌亚目(Frankineae)
- 酸热菌科(Acidothermaceae)
- 酸热菌属(Acidothermus)
- 弗兰克氏菌科(Frankiaceae)
- 弗兰克氏菌属(Frankia)
- 地嗜皮菌科(Geodermatophilaceae)
- 芽球菌属(Blastococcus)
- 地嗜皮菌属(Geodermatophilus)
- (Modestobacter)
- (Kineosporiaceae)
- (Cryptosporangium)
- (Kineococcus)
- (Kineosporia)
- (Nakamurellaceae)
- (Humicoccus)
- (Nakamurella)
- (Quadrisphaera)
- 孢鱼菌科(Sporichthyaceae)
- 孢鱼菌属(Sporichthya)
- 酸热菌科(Acidothermaceae)
- 糖霉菌亚目(Glycomycineae)
- 糖霉菌科(Glycomycetaceae)
- 糖霉菌属(Glycomyces)
- (Stackerbrandtia)
- 糖霉菌科(Glycomycetaceae)
- 微球菌亚目(Micrococcineae)
- 获山氏菌科(Beutenbergiaceae)
- 获山氏菌属(Beutenbergia)
- 乔治菌属(Georgenia)
- 萨勒河菌属(Salana)
- 博戈里亚湖菌科(Bogoriellaceae)
- 博戈里亚湖菌属(Bogoriella)
- 短杆菌科(Brevibacteriaceae)
- 短杆菌属(Brevibacterium)
- 纤维素单胞菌科(Cellulomonadaceae)
- 纤维素单胞菌属(Cellulomonas)
- 厄氏菌属(Oerskovia)
- (Tropheryma)
- (Dermabacteraceae)
- (Brachybacterium)
- (Dermabacter)
- (Dermacoccaceae)
- (Demetria)
- (Dermacoccus)
- (Kytococcus)
- (Dermatophilaceae)
- (Dermatophilus)
- (Kineosphaera)
- (Intrasporangiaceae)
- (Arsenicicoccus)
- (Humihabitans)
- (Intrasporangium)
- (Janibacter)
- (Knoellia)
- (Kribbia)
- (Lapillicoccus)
- (Ornithinicoccus)
- (Ornithinimicrobium)
- (Oryzihumus)
- (Serinicoccus)
- (Terrabacter)
- (Terracoccus)
- (Tetrasphaera)
- (Jonesiaceae)
- (Jonesia)
- (Microbacteriaceae)
- (Agreia)
- (Agrococcus)
- (Agromyces)
- (Aureobacterium)
- (Clavibacter)
- (Cryobacterium)
- (Curtobacterium)
- (Frigoribacterium)
- (Frondicola)
- (Gulosibacter)
- (Labedella)
- (Leifsonia)
- (Leucobacter)
- (Microbacterium)
- (Microcella)
- (Mycetocola)
- (Okibacterium)
- (Plantibacter)
- (Pseudoclavibacter)
- (Rathayibacter)
- (Rhodoglobus)
- (Salinibacterium)
- (Subtercola)
- (Yonghaparkia)
- (Zimmermannella)
- 微球菌科(Micrococcaceae)
- (Acaricomes)
- 节杆菌属(Arthrobacter)
- (Citricoccus)
- (Kocuria)
- 微球菌属(Micrococcus)
- (Nesterenkonia)
- (Renibacterium)
- 罗氏菌属(Rothia)
- 口腔球菌属(Stomatococcus)
- 刘志恒菌属(Zhihengliuella)
- (Promicromonosporaceae)
- (Cellulosimicrobium)
- (Isoptericola)
- (Myceligenerans)
- (Promicromonospora)
- (Xylanibacterium)
- (Xylanimonas)
- (Rarobacteraceae)
- (Rarobacter)
- (Sanguibacteraceae)
- 血杆菌属(Sanguibacter)
- (Yaniaceae)
- (Yania)
- 科未定
- (Actinotalea)
- (Demequina)
- (Phycicoccus)
- (Ruania)
- 获山氏菌科(Beutenbergiaceae)
- 微单孢菌亚目(Micromonosporineae)
- 微单孢菌科(Micromonosporaceae)
- (Actinocatenispora)
- (Actinoplanes)
- (Amorphosporangium)
- (Ampullariella)
- (Asanoa)
- (Catellatospora)
- (Catenuloplanes)
- (Couchiolanes)
- (Dactylosporangium)
- (Krasilnikovia)
- (Longispora)
- (Luedemannella)
- 微单孢菌属(Micromonospora)
- (Pilimelia)
- (Planopolyspora)
- (Polymorphospora)
- (Salinispora)
- (Spirilliplanes)
- (Verrucosispora)
- (Virgisporangium)
- 微单孢菌科(Micromonosporaceae)
- 丙酸杆菌亚目(Propionibacterineae)
- (Nocardioidaceae)
- (Actinopolymorpha)
- (Aeromicrobium)
- (Friedmanniella)
- (Hongia)
- (Kribbella)
- (Marmoricola)
- (Micropruina)
- (Nocardioides)
- (Pimelobacter)
- (Propionicicella)
- (Propionicimonas)
- 丙酸杆菌科(Propionibacteriaceae)
- 河口微菌属(Aestuariimicrobium)
- (Arachnia)
- (Brooklawnia)
- (Granulicoccus)
- 江氏菌属(Jiangella)
- (Luteococcus)
- (Microlunatus)
- 丙酸杆菌属(Propionibacterium)
- (Propioniferax)
- (Propionimicrobium)
- (Tessaracocccus)
- (Nocardioidaceae)
- (Pseudonocardineae)
- (Actinosynnemataceae)
- (Actinokineospora)
- (Actinosynnema)
- (Lechevalieria)
- (Lentzea)
- (Saccharothrix)
- (Umezawaea)
- (Pseudonocardiaceae)
- (Actinoalloteichus)
- (Actinobispora)
- (Amycolata)
- (Amycolatopsis)
- (Crossiella)
- (Faenia)
- (Goodfellowia)
- (Kibdelosporangium)
- (Kutzneria)
- (Prauserella)
- (Pseudoamycolata)
- (Pseudonocardia)
- (Saccharomonospora)
- (Saccharopolyspora)
- (Streptoalloteichus)
- (Thermobispora)
- (Thermocrispum)
- (Actinosynnemataceae)
- 链霉菌亚目(Streptomycineae)
- 链霉菌科(Sterptomycetaceae)
- (Actinopycnidium)
- (Actinosporangium)
- (Chainia)
- (Elytrosporangium)
- 北里菌属(Kitasatoa)
- 北里孢菌属(Kitasatospora)
- (Microellobosporia)
- (Streptacidiphilus)
- 链霉菌属(Streptomyces)
- (Streptoverticillium)
- 链霉菌科(Sterptomycetaceae)
- (Streptosporangineae)
- (Nocardiopsaceae)
- (Nocardiopsis)
- (Streptomonospora)
- (Thermobifida)
- (Streptosporangiaceae)
- (Acrocarpospora)
- (Herbidospora)
- (Microbispora)
- (Microtetraspora)
- (Nonomuraea)
- (Planobispora)
- (Planomonospora)
- (Planotetraspora)
- (Sphaerisporangium)
- (Streptosporangium)
- (Thermopolyspora)
- (Thermomonosporaceae)
- 珊瑚状放线菌属(Actinocorallia)
- (Actinomadura)
- (Excellospora)
- (Spirillospora)
- (Thermomonospora)
- (Nocardiopsaceae)
- 放线菌亚目(Actinomycineae)
- 双歧杆菌目(Bifidobacteriales)
- 双歧杆菌科(Bifidobacteriaceae)
- (Aeriscardovia)
- (Alloscardovia)
- 双歧杆菌属(Bifidobacterium)
- (Gardnerella)
- (Metascardovia)
- (Parascardovia)
- (Scardovia)
- 科未定
- 双歧杆菌科(Bifidobacteriaceae)
- 放线菌目(Actinomycetales)
- (Coriobacteridae)
- (Coriobacteriales)
- (Coriobacterineae)
- (Coriobacteriaceae)
- 奇异菌属(Atopobium)
- (Collinsella)
- (Coriobacterium)
- (Cryptobacterium)
- (Denitrobacterium)
- (Eggerthella)
- (Olsenella)
- (Slackia)
- (Coriobacteriaceae)
- (Coriobacterineae)
- (Coriobacteriales)
- 红色杆菌亚纲(Rubrobacteridae)
- 红色杆菌目(Rubrobacterales)
- 红色杆菌亚目(Rubrobacterineae)
- (Conexibacteraceae)
- (Conexibacter)
- (Patulibacteraceae)
- (Patulibacter)
- 红色杆菌科(Rubrobacteraceae)
- 红色杆菌属(Rubrobacter)
- (Solirubrobacteraceae)
- (Solirubrobacter)
- (Thermoleophilaceae)
- (Thermoleophilum)
- (Conexibacteraceae)
- 红色杆菌亚目(Rubrobacterineae)
- 红色杆菌目(Rubrobacterales)
- 球形杆菌亚纲(Sphaerobacteridae)
- 球形杆菌目(Sphaerobacterales)
- 球形杆菌亚目(Sphaerobacterineae)
- 球形杆菌科(Sphaerobacteraceae)
- 球形杆菌属(Sphaerobacter)
- 球形杆菌科(Sphaerobacteraceae)
- 球形杆菌亚目(Sphaerobacterineae)
- 球形杆菌目(Sphaerobacterales)
[编辑] 产水菌门(Aquificae)
[编辑] 产水菌纲(Aquificae)
- 产水菌目(Aquificales)
- 产水菌科(Aquificaceae)
- 产水菌属(Aquifex)
- (Calderobacterium)
- (Hydrogenivirga)
- (Hydrogenobacter)
- (Hydrogenobaculum)
- (Thermocrinis)
- 除硫杆菌科(Desulfurobacteriaceae)
- (Balnearium)
- 除硫杆菌属(Desulfurobacterium)
- 热弧菌属(Thermovibrio)
- (Hydrogenothermaceae)
- (Hydrogenothermus)
- (Persephonella)
- (Sulfurihydrogenibium)
- 产水菌科(Aquificaceae)
[编辑] 拟杆菌门(Bacteroidetes)
[编辑] 拟杆菌纲(Bacteroidetes)
- 拟杆菌目(Bacteroidales)
- 拟杆菌科(Bacteroidaceae)
- (Acetomicrobium)
- (Anaerophaga)
- (Anaerorhabdus)
- 拟杆菌属(Bacteroides)
- (Pontibacter)
- 紫单胞菌科(Porphyromonadaceae)
- (Barnesiella)
- (Capsularis)
- (Dysgonomonas)
- (Hallella)
- (Odoribacter)
- (Oribaculum)
- (Paludibacter)
- (Parabacteroides)
- 紫单胞菌属(Porphyromonas) (多译作“卟啉单胞菌”,但porphyro-应来源于希腊语“紫色”)
- (Proteiniphilum)
- (Tannerella)
- (Xylanibacter)
- 普雷沃氏菌科(Prevotellaceae)
- 普雷沃氏菌属(Prevotella) (或译作“普氏菌”)
- 理研菌科(Rikenellaceae)
- (Alistipes)
- (Alkaliflexus)
- (Marinilabilia)
- (Petrimonas)
- 理研菌属(Rikenella) (注:Riken是日语“理化学研究所”简称)
- 科未定
- (Acetofilamentum)
- (Acetothermus)
- 拟杆菌科(Bacteroidaceae)
[编辑] 黄杆菌纲(Flavobacteria)
- 黄杆菌目(Flavobacteriales)
- 蟑螂杆状体科(Blattabacteriaceae)
- 蟑螂杆状体属(Blattabacterium)
- (Cryomorphaceae)
- (Algoriphagus)
- (Brumimicrobium)
- (Crocinitomix)
- (Cryomorpha)
- (Fluviicola)
- 李时珍菌属(Lishizhenia)
- (Owenweeksia)
- 黄杆菌科(Flavobacteriaceae)
- (Actibacter)
- (Aequorivita)
- (Algibacter)
- (Aquimarina)
- (Arenibacter)
- 伯杰菌属(Bergeyella)
- (Bizionia)
- 碳酸噬胞菌属(Capnocytophaga) (注:多译作“二氧化碳噬纤维菌属”)
- 噬纤维素菌属(Cellulophaga)
- 金黄杆菌属(Chryseobacterium)
- (Cloacibacterium)
- (Coenonia)
- (Costertonia)
- (Croceibacter)
- 独岛菌属(Dokdonia)
- 东海菌属(Donghaeana)
- (Elizabethkingia)
- (Empedobacter)
- (Epilithonimonas)
- (Flaviramulus)
- 黄杆菌属(Flavobacterium)
- (Formosa)
- 泥滩杆菌属(Gaetbulibacter)
- 泥滩微菌属(Gaetbulimicrobium)
- (Galbibacter)
- (Gelidibacter)
- (Gillisia)
- (Gilvibacter)
- 革兰菌属(Gramella)
- (Kaistella)
- (Kordia)
- (Krokinobacter)
- (Lacinutrix)
- 列文虎克菌属(Leeuwenhoekiella)
- (Lutibacter)
- (Maribacter)
- (Mariniflexile)
- (Marixanthomonas)
- (Mesonia)
- (Muricauda)
- (Myroides)
- (Nonlabens)
- (Olleya)
- (Ornithobacterium)
- (Persicivirga)
- (Pibocella)
- 极地杆菌属(Polaribacter)
- 冷弯菌属(Psychroflexus)
- (Psychroserpens)
- (Riemerella)
- (Robiginitalea)
- (Salegentibacter)
- (Sandarakinotalea)
- (Sediminibacter)
- (Sediminicola)
- 世宗菌属(Sejongia)
- (Stanierella)
- (Stenothermobacter)
- (Subsaxibacter)
- (Subsaximicrobium)
- (Tamlana)
- (Tenacibaculum)
- (Ulvibacter)
- (Vitellibacter)
- (Wautersiella)
- (Weeksella)
- (Winogradskyella)
- 丽水菌属(Yeosuana)
- (Zeaxanthinibacter)
- 周氏菌属(Zhouia)
- (Zobellia)
- 王祖农菌属(Zunongwangia)
- 蟑螂杆状体科(Blattabacteriaceae)
[编辑] 鞘脂杆菌纲(Sphingobacteria)
- 鞘脂杆菌目(Sphingobacteriales)
- 泉发菌科(Crenotrichaceae)
- (Balneola)
- (Chitinophaga)
- 泉发菌属(Crenothrix)
- (Rhodothermus)
- (Salinibacter)
- (Terrimonas)
- (Toxothrix)
- (Flammeovirgaceae)
- (Flammeovirga)
- (Flexithrix)
- (Perexilibacter)
- (Persicobacter)
- (Rapidithrix)
- (Sediminitomix)
- (Thermonema)
- 屈挠杆菌科(Flexibacteraceae)
- (Adhaeribacter)
- (Aquiflexum)
- (Arcicella)
- (Belliella)
- (Chimaereicella)
- (Cyclobacterium)
- 噬胞菌属(Cytophaga) (注:目前多称此属为“噬纤维菌属”,此处依拉丁文)
- (Dyadobacter)
- (Echinicola)
- (Effluviibacter)
- (Emticicia)
- (Fabibacter)
- (Flectobacillus)
- 屈挠杆菌属(Flexibacter)
- (Hongiella)
- (Hymenobacter)
- (Larkinella)
- (Leadbetterella)
- (Marinicola)
- (Meniscus)
- (Microscilla)
- (Niastella)
- (Persicitalea)
- (Reichenbachiella)
- (Rhodonellum)
- (Roseivirga)
- (Runella)
- (Spirosoma)
- 生孢噬胞菌属(Sporocytophaga)
- 腐螺旋菌科(Saprospiraceae)
- (Aureispira)
- (Haliscomenobacter)
- (Lewinella)
- 腐螺旋菌属(Saprospira)
- 鞘脂杆菌科(Sphingobacteriaceae)
- (Mucilaginibacter)
- (Olivibacter)
- (Parapedobacter)
- (Pedobacter)
- (Pseudosphingobacterium)
- 鞘脂杆菌属(Sphingobacterium)
- 科未定
- (Niabella)
- 泉发菌科(Crenotrichaceae)
[编辑] 纲未定
- (Flavisolibacter)
- (Fulvivirga)
- (Prolixibacter)
- (Segetibacter)
[编辑] 衣原体门(Chlamydiae)
[编辑] 衣原体纲(Chlamydiae)
- 衣原体目(Chlamydiales)
- 衣原体科(Chlamydiaceae)
- 衣原体属(Chlamydia)
- 嗜衣体属(Chlamydophila)
- 副衣原体属(Parachlamydiaceae) (注:应该是副衣原体科)
- 新衣原体属(Neochlamydia)
- 副衣原体属(Parachlamydia)
- 芯卡体科(Simkaniaceae)
- 芯卡体属(Simkania) (注:人名缩写简称,此处用音译)
- 棍衣原体属(Rhabdochlamydia)*
- 华诊体科(Waddliaceae)
- 华诊体属(Waddlia) (注:WADDL为“华盛顿动物病诊断实验室”缩写)
- 衣原体科(Chlamydiaceae)
[编辑] 绿菌门(Chlorobi)
[编辑] 绿菌纲(Chlorobia)
- 绿菌目(Chlorobiales)
- 绿菌科(Chlorobiaceae)
- 臂绿菌属(Ancalochloris)
- 绿棒菌属(Chlorobaculum)
- 绿菌属(Chlorobium)
- 绿爬菌属(Chloroherpeton)
- 暗网菌属(Pelodictyon)
- 突柄绿菌属(Prosthecochloris)
- 绿菌科(Chlorobiaceae)
[编辑] 绿弯菌门(Chloroflexi)
[编辑] 厌氧绳菌纲(Anaerolineae)
- 厌氧绳菌目(Anaerolineales)
- 厌氧绳菌科(Anaerolineaceae)
- 厌氧绳菌属(Anaerolinea)
- (Bellilinea)
- 纤绳菌属(Leptolinea)
- (Levilinea)
- 长绳菌属(Longilinea)
- 厌氧绳菌科(Anaerolineaceae)
[编辑] 暖绳菌纲(Caldilineae)
- 暖绳菌目(Caldilineales)
- 暖绳菌科(Caldilineaceae)
- 暖绳菌属(Caldilinea)
- 暖绳菌科(Caldilineaceae)
[编辑] 绿弯菌纲(Chloroflexi)
- 绿弯菌目(Chloroflexales)
- 绿弯菌科(Chloroflexaceae)
- 绿弯菌属(Chloroflexus)
- 绿线菌属(Chloronema)
- 太阳发菌属(Heliothrix)
- 玫瑰弯菌属(Roseiflexus)
- 颤绿菌科(Oscillochloridaceae)
- 颤绿菌属(Oscillochloris)
- 绿弯菌科(Chloroflexaceae)
- 爬管菌目(Herpetosiphonales)
- 爬管菌科(Herpetosiphonaceae)
- 爬管菌属(Herpetosiphon)
- 爬管菌科(Herpetosiphonaceae)
[编辑] 产金菌门(Chrysiogenetes)
[编辑] 产金菌纲(Chrysiogenetes)
- 产金菌目(Chrysiogenales)
- 产金菌科(Chrysiogenaceae)
- 产金菌属(Chrysiogenes)
- 产金菌科(Chrysiogenaceae)
[编辑] 蓝藻门(Cyanobacteria)
[编辑] 蓝藻纲(Cyanobacteria)
注:目前有三套蓝藻分类系统,分别为NCBI、Bergey's手册及Cavalier-Smith(2002年,仅分至目)。
本文采用的Bergey's手册中蓝藻内的分类,不论目科属,均为形态分类,其中目在手册中为“Subsection”而非“Order”,目、科均未列名称,此处目名称为习惯用法,科不列名称;属除Halospirulina和Trichodesmium之外均标为“形态属”(Form Genus)而非“属”(Genus)。表中在形态分类后面加注"@"。预料不久的将来整个蓝藻分类系统将会大调,与其它细菌统一为系统发育分类系统。
此外,因汉语“藻”字可指多种水生光合产氧生物,包括多支互不相关的原生生物甚至高等水生植物,此处仍用按照“藻”翻译蓝藻门(Cyanobacteria)细菌。但也可依据个人理念将名称定为“某菌”或“某蓝菌”,但应注意避免与其余细菌重名。
- 第一目(色球藻目(Chroococcales))@
- 第一科@
- 管孢藻属(Chamaesiphon)@
- 色球藻属(Chroococcus)@
- (Cyanobacterium)@
- (Cyanobium)@
- (Cyanothece)@
- 蓝纤维藻属(Dactylococcopsis)@
- (Gloeobacter)@
- 黏球藻属(Gloeocapsa)@
- 黏杆藻属(Gloeothece)@
- 微囊藻属(Microcystis)@
- 原绿球藻属(Prochlorococcus)@
- 原绿藻属(Prochloron)@
- 聚球藻属(Synechococcus)@
- 集胞藻属(Synechocystis)@
- 第一科@
- 第二目(宽球藻目(Pleurocapsales))@
- 第一科@
- (Cyanocystis)@
- (Dermocarpella)@
- (Stanieria)@
- 异球藻属(Xenococcus)@
- 第二科@
- 拟色球藻属(Chroococcidiopsis)@
- 黏囊藻属(Myxosarcina)@
- 宽球藻属(Pleurocapsa)@
- 第一科@
- 第三目(颤藻目(Oscillatoriales))@
- 第一科@
- 节螺藻属(Arthrospira)@ (包含商业化螺旋藻)
- (Borzia)@
- (Crinalium)@
- (Geitlerinema)@
- 盐螺旋藻属(Halospirulina)
- (Leptolyngbya)@
- (Limnothrix)@
- 鞘丝藻属(Lyngbya)@
- 微鞘藻属(Microcoleus)@
- 颤藻属(Oscillatoria)@
- (Planktothrix)@
- 原绿发藻属(Prochlorothrix)@
- (Pseudanabaena)@
- 螺旋藻属(Spirulina)@
- (Starria)@
- 束藻属(Symploca)@
- 束毛藻属(Trichodesmium)
- (Tychonema)@
- 第一科@
- 第四目(念珠藻目(Nostocales))@
- 第一科@
- 鱼腥藻属(Anabaena)@
- 项圈藻属(Anabaenopsis)@
- 束丝藻属(Aphanizomenon)@
- (Cyanospira)@
- (Cylindrospermopsis)@
- 筒孢藻属(Cylindrospermum)@
- 节球藻属(Nodularia)@
- 念珠藻属(Nostoc)@
- 伪枝藻属(Scytonema)@
- 第二科@
- 眉藻属(Calothrix)@
- 胶须藻属(Rivularia)@
- 单歧藻属(Tolypothrix)@
- 第一科@
- 第五目(真枝藻目(Stigonematales))@
- 第一科@
- (Chlorogloeopsis)@
- 费氏藻属(Fischerella)@
- (Geitleria)@
- (Iyengariella)@
- 拟念珠藻属(Nostochopsis)@
- 真枝藻属(Stigonema)@
- 第一科@
[编辑] 脱铁杆菌门(Deferribacteres)
[编辑] 脱铁杆菌纲(Deferribacteres)
- 脱铁杆菌目(Deferribacterales)
- 脱铁杆菌科(Deferribacteraceae)
- 脱铁杆菌属(Deferribacter)
- (Denitrovibrio)
- (Flexistipes)
- 地弧菌属(Geovibrio)
- (Mucispirillum)
- 科未定
- 暖发菌属(Caldithrix)
- (Synergistes)
- 脱铁杆菌科(Deferribacteraceae)
[编辑] 异常球菌-栖热菌门(Deinococcus-Thermus)
[编辑] 异常球菌纲(Deinococci)
- 异常球菌目(Deinococcales)
- 异常球菌科(Deinococcaceae)
- 异常杆菌属(Deinobacter)
- 异常球菌属(Deinococcus)
- 特吕珀菌科(Trueperaceae)
- 特吕珀菌属(Truepera)
- 异常球菌科(Deinococcaceae)
- 栖热菌目(Thermales)
- 栖热菌科(Thermaceae)
- 海栖热菌属(Marinithermus)
- 亚栖热菌属(Meiothermus)
- 海洋栖热菌属(Oceanithermus)
- 栖热菌属(Thermus)
- 火山栖热菌属(Vulcanithermus)
- 栖热菌科(Thermaceae)
[编辑] 网团菌门(Dictyoglomi)
[编辑] 网团菌纲(Dictyoglomi)
- 网团菌目(Dictyoglomales)
- 网团菌科(Dictyoglomaceae)
- 网团菌属(Dictyoglomus)
- 网团菌科(Dictyoglomaceae)
[编辑] 纤维杆菌门(Fibrobacteres)
[编辑] 纤维杆菌纲(Fibrobacteres)
- 纤维杆菌目(Fibrobacterales)
- 纤维杆菌科(Fibrobacteraceae)
- 纤维杆菌属(Fibrobacter)
- 纤维杆菌科(Fibrobacteraceae)
[编辑] 厚壁菌门(Firmicutes)(低G+C革兰氏阳性菌)
[编辑] 芽孢杆菌纲(Bacilli)
- 芽孢杆菌目(Bacillales)
- (Alicyclobacillaceae)
- (Alicyclobacillus)
- (Pasteuria)
- (Sulfobacillus)
- 芽孢杆菌科(Bacillaceae)
- (Alkalibacillus)
- (Amphibacillus)
- (Anoxybacillus)
- 芽孢杆菌属(Bacillus)
- (Caldalkalibacillus)
- (Cerasibacillus)
- (Exiguobacterium)
- (Filobacillus)
- (Geobacillus)
- (Gracilibacillus)
- (Halalkalibacillus)
- (Halobacillus)
- (Haloactibacillus)
- (Jeotgalibacillus)
- (Lentibacillus)
- (Lysinibacillus)
- (Marinibacillus)
- (Oceanobacillus)
- (Ornithinibacillus)
- (Paraliobacillus)
- (Paucisalibacillus)
- (Pelagibacillus)
- (Piscibacillus)
- (Pontibacillus)
- 糖球菌属(Saccharococcus)
- (Salibacillus)
- (Salimicrobium)
- (Salinibacillus)
- (Salirhabdus)
- (Sasuginibacillus)
- (Tenuibacillus)
- (Terribacillus)
- (Thalassobacillus)
- (Ureibacillus)
- (Virgibacillus)
- (Vulcanibacillus)
- (Caryophanaceae)
- (Caryophanon)
- 李斯特氏菌科(Listeriaceae)
- 环丝菌属(Brochothrix)
- 李斯特氏菌属(Listeria)
- (Paenibacillaceae)
- (Ammoniphilus)
- (Aneurinibacillus)
- (Brevibacillus)
- (Cohnella)
- (Oxalophagus)
- (Paenibacillus)
- (Thermicanus)
- (Thermobacillus)
- (Planococcaceae)
- (Filibacter)
- (Kurthia)
- (Planococcus)
- (Planomicrobium)
- (Sporosarcina)
- 芽孢乳杆菌科(Sporolactobacillaceae)
- (Marinococcus)
- (Sinococcus)
- 芽孢乳杆菌属(Sporolactobacillus)
- (Tuberibacillus)
- 葡萄球菌科(Staphylococcaceae)
- 孪生菌属(Gemella)
- (Joetgalicoccus)
- (Macrococcus)
- (Salinicoccus)
- 葡萄球菌属(Staphylococcus)
- (Thermoactinomycetaceae)
- (Laceyella)
- (Mechercharimyces)
- (Planifilum)
- (Seinonella)
- (Shimazuella)
- (Thermoactinomyces)
- (Thermoflavimicrobium)
- (Turicibacteraceae)
- (Turicibacter)
- 科未定
- (Pullulanibacillus)
- (Alicyclobacillaceae)
- 乳杆菌目(Lactobacillales)
- 气球菌科(Aerococcaceae)
- (Abiotrophia)
- 气球菌属(Aerococcus)
- (Dolosicoccus)
- (Eremococcus)
- (Facklamia)
- (Globicatella)
- (Ignavigranum)
- 肉杆菌科(Carnobacteriaceae)
- (Agitococcus)
- (Alkalibacterium)
- (Allofustis)
- (Alloiococcus)
- (Atopococcus)
- (Atopostipes)
- 肉杆菌属(Carnobacterium)
- 德库菌属(Desemzia) (DSMZ,德国微生物与细胞保藏中心)
- (Dolosigranulum)
- (Granulicatella)
- (Isobaculum)
- (Lactosphaera)
- (Marinilactibacillus)
- (Trichococcus)
- 肠球菌科(Enterococcaceae)
- (Atopobacter)
- (Catellicoccus)
- 肠球菌属(Enterococcus)
- (Melissococcus)
- (Pilibacter)
- (Tetragenococcus)
- 漫游球菌属(Vagococcus)
- 乳杆菌科(Lactobacillaceae)
- 乳杆菌属(Lactobacillus)
- (Paralactobacillus)
- 片球菌属(Pediococcus)
- 明串珠菌科(Leuconostocaceae)
- 明串珠菌属(Leuconostoc)
- (Oenococcus)
- (Weissella)
- 颤螺旋菌科(Oscillospiraceae)
- 颤杆菌克(Oscillibacter)
- 颤螺旋菌属(Oscillospira)
- 链球菌科(Streptococcaceae)
- 乳球菌属(Lactococcus)
- (Lactovum)
- 链球菌属(Streptococcus)
- 科未定
- (Acetoanaerobium)
- 互营球菌属(Syntrophococcus)
- 气球菌科(Aerococcaceae)
[编辑] 梭菌纲(Clostridia)
- 梭菌目(Clostridiales)
- 梭菌科(Clostridiaceae)
- (Acetanaerobacterium)
- (Acetivibrio)
- (Acidaminobacter)
- (Alkaliphilus)
- (Anaerobacter)
- (Anaerotruncus)
- (Anoxynatronum)
- (Bryantella)
- (Caloramator)
- (Caloranaerobacter)
- (Caminicella)
- (Clostridiisalibacter)
- 梭菌属(Clostridium)
- (Coprobacillus)
- (Dorea)
- (Ethanoligenens)
- (Faecalibacterium)
- (Fastidiosipila)
- (Garciella)
- (Gracilibacter)
- (Guggenheimella)
- (Hespellia)
- (Natronincola)
- (Oxobacter)
- (Parasporobacterium)
- 八叠球菌属(Sarcina)
- (Soehngenia)
- (Sporacetigenium)
- (Sporobacter)
- (Subdoligranulum)
- (Tepidibacter)
- (Tepidimicrobium)
- (Thermobrachium)
- (Thermohalobacter)
- (Tindallia)
- 优杆菌科(Eubacteriaceae)
- 醋杆菌属(Acetobacterium)
- (Alkalibacter)
- (Anaerofustis)
- (Anaerovorax)
- 优杆菌属(Eubacterium)
- (Mogibacterium)
- (Pseudoramibacter)
- 太阳杆菌科(Heliobacteriaceae)
- 太阳杆状菌属(Heliobacillus)
- 太阳杆菌属(Heliobacterium)
- 嗜日菌属(Heliophilum)
- (Heliorestis)
- 毛螺旋菌科(Lachnospiraceae)
- (Acetitomaculum)
- (Anaerofilum)
- (Anaerostipes)
- 丁酸弧菌属(Butyrivibrio)
- (Catenibacterium)
- (Catonella)
- 粪球菌属(Coprococcus)
- (Johnsonella)
- (Lachnobacterium)
- 毛螺旋菌属(Lachnospira)
- (Moryella)
- (Oribacterium)
- 假丁酸弧菌属(Pseudobutyrivibrio)
- (Roseburia)
- 瘤胃球菌属(Ruminococcus)
- (Shuttleworthia)
- (Sporobacterium)
- 消化球菌科(Peptococcaceae)
- (Carboxydothermus)
- (Cryptanaerobacter)
- (Dehalobacter)
- (Desulfitobacterium)
- (Desulfonispora)
- (Desulfosporosinus)
- (Desulfotomaculum)
- (Pelotomaculum)
- 消化球菌属(Peptococcus)
- (Syntrophobotulus)
- (Thermincola)
- (Thermoterrabacterium)
- 消化链球菌科(Peptostreptococcaceae)
- (Anaerococcus)
- (Filifactor)
- (Finegoldia)
- (Fusibacter)
- (Gallicola)
- (Helcococcus)
- 微单胞菌属(Parvimonas) (原名Micromonas)
- (Peptoniphilus)
- 消化链球菌属(Peptostreptococcus)
- (Sedimentibacter)
- (Sporanaerobacter)
- (Tissierella)
- 互营单胞菌科(Syntrophomonadaceae)
- (Aminiphilus)
- (Aminobacterium)
- (Aminomonas)
- (Anaerobaculum)
- (Anaerobranca)
- (Caldicellulosiruptor)
- (Carboxydocella)
- (Dethiosulfovibrio)
- (Pelospora)
- 互营单胞菌属(Syntrophomonas)
- (Syntrophospora)
- 互营热菌属(Syntrophothermus)
- (Thermaerobacter)
- (Thermanaerovibrio)
- (Thermohydrogenium)
- (Thermosyntropha)
- (Thermovirga)
- 韦荣氏菌科(Veillonellaceae)
- (Acetonema)
- 氨基酸球菌属(Acidaminococcus)
- (Allisonella)
- (Anaeroarcus)
- (Anaeroglobus)
- (Anaeromusa)
- (Anaerosinus)
- (Anaerovibrio)
- (Centipeda)
- (Dendrosporobacter)
- (Dialister)
- (Megamonas)
- (Megasphaera)
- 光冈菌属(Mitsuokella)
- (Papillibacter)
- (Pectinatus)
- (Pelosinus)
- (Phascolarctobacterium)
- (Propionispira)
- (Propionispora)
- (Quinella)
- (Schwartzia)
- 新月形单胞菌属(Selenomonas)
- 鼠孢菌属(Sporomusa)
- (Sporotalea)
- (Succiniclasticum)
- (Succinispira)
- (Thermosinus)
- 韦荣氏菌属(Veillonella)
- (Zymophilus)
- 科未定
- (Anaerovirgula)
- (Dethiosulfatibacter)
- (Geosporobacter)
- (Howardella)
- (Proteiniborus)
- 梭菌科(Clostridiaceae)
- 盐厌氧菌目(Halanaerobiales)
- 盐厌氧菌科(Halanaerobiaceae)
- 盐厌氧菌属(Halanaerobium)
- (Halocella)
- (Haloincola)
- (Halothermothrix)
- 盐拟杆菌科(Halobacteroidaceae)
- (Acetohalobium)
- (Halanaerobacter)
- 盐拟杆菌属(Halobacteroides)
- (Halonatronum)
- (Natroniella)
- (Orenia)
- (Selenihalanaerobacter)
- (Sporohalobacter)
- 盐厌氧菌科(Halanaerobiaceae)
- 盐碱厌氧菌目(Natranaerobiales)
- 盐碱厌氧菌科(Natranaerobiaceae)
- 盐碱厌氧菌属(Natranaerobius)
- 盐碱厌氧菌科(Natranaerobiaceae)
- 热厌氧杆菌目(Thermoanaerobacteriales)
- 热厌氧杆菌科(Thermoanaerobacteriaceae)
- (Acetogenium)
- (Ammonifex)
- (Caldanaerobacter)
- (Carboxydibrachium)
- (Coprothermobacter)
- (Desulfovirgula)
- (Gelria)
- (Mahella)
- (Moorella)
- (Sporotomaculum)
- (Tepidanaerobacter)
- (Thermacetogenium)
- 热厌氧单胞菌属(Thermanaeromonas)
- (Thermoanaerobacter)
- (Thermoanaerobium)
- (Thermoanaerobacterium)
- 热厌氧菌属(Thermoanaerobium)
- (Thermobacteroides)
- (Thermosediminibacter)
- (Thermovenabulum)
- 热脱硫菌科(Thermodesulfobiaceae)
- 热脱硫菌属(Thermodesulfobium)
- 热厌氧杆菌科(Thermoanaerobacteriaceae)
- 目未定
- (Desulfitibacter)
- (Symbiobacterium)
[编辑] 热石杆菌纲(Thermolithobacteria)
- 热石杆菌目(Thermolithobacterales)
- 热石杆菌科(Thermolithobacteraceae)
- 热石杆菌属(Thermolithobacter)
- 热石杆菌科(Thermolithobacteraceae)
[编辑] 梭杆菌门(Fusobacteria)
[编辑] 梭杆菌纲(Fusobacteria)
- 梭杆菌目(Fusobacteriales)
- 梭杆菌科(Fusobacteriaceae)
- 梭杆菌属(Fusobacterium)
- (Ilyobacter)
- 纤毛菌属(Leptotrichia)
- (Propionigenium)
- (Sebaldella)
- (Sneathia)
- (Streptobacillus)
- 科未定
- (Cetobacterium)
- 梭杆菌科(Fusobacteriaceae)
[编辑] 芽单胞菌门(Gemmatimonadetes)
[编辑] 芽单胞菌纲(Gemmatimonadetes)
- 芽单胞菌目(Gemmatimonadales)
- 芽单胞菌科(Gemmatimonadaceae)
- 芽单胞菌属(Gemmatimonas)
- 芽单胞菌科(Gemmatimonadaceae)
[编辑] 黏胶球形菌门(Lentisphaerae)
[编辑] 黏胶球形菌纲(Lentisphaerae)
- 黏胶球形菌目(Lentisphaerales)
- 黏胶球形菌科(Lentisphaeraceae)
- 黏胶球形菌属(Lentisphaera)
- 黏胶球形菌科(Lentisphaeraceae)
- 食物谷菌目(Victivallales)
- 食物谷菌科(Victivallaceae)
- 食物谷菌属(Victivallis)
- 食物谷菌科(Victivallaceae)
[编辑] 硝化螺旋菌门(Nitrospirae)
[编辑] 硝化螺旋菌纲(Nitrospira)
- 硝化螺旋菌目(Nitrospirales)
- 硝化螺旋菌科(Nitrospiraceae)
- 钩端螺菌属(Leptospirillum)
- 硝化螺旋菌属(Nitrospira)
- 磁杆菌属(Magnetobacterium)*
- 热脱硫弧菌属(Thermodesulfovibrio)
- 硝化螺旋菌科(Nitrospiraceae)
[编辑] 浮霉菌门(Planctomycetes)
[编辑] 浮霉菌纲(Planctomycetacia)
- 浮霉菌目(Planctomycetales)
- 浮霉菌科(Planctomycetaceae)
- (Blastopirellula)
- (Gemmata)
- (Isosphaera)
- 小梨形菌属(Pirellula)
- 浮霉菌属(Planctomycetes)
- 红小梨形菌属(Rhodopirellula)
- (Schlesneria)
- 科未定 (均未能分离培养,见厌氧氨氧化菌)
- (Brocadia)*
- (Kuenenia)*
- (Scalindua)*
- 浮霉菌科(Planctomycetaceae)
[编辑] 海绵杆菌门(Poribacteria)*
[编辑] 变形菌门(Proteobacteria)
[编辑] α-变形菌纲(Alphaproteobacteria)
- 柄杆菌目(Caulobacterales)
- 柄杆菌科(Caulobacteraceae)
- (Asticcacaulis)
- 短波单胞菌属(Brevundimonas)
- 柄杆菌属(Caulobacter)
- 苯基杆菌属(Phenylobacterium)
- 柄杆菌科(Caulobacteraceae)
- (Kordiimonadales)
- (Kordiimonadaceae)
- (Kordiimonas)
- (Kordiimonadaceae)
- 短小盒菌目(Parvularculales)
- 短小盒菌科(Parvularculaceae)
- 短小盒菌属(Parvularcula)
- 短小盒菌科(Parvularculaceae)
- 根瘤菌目(Rhizobiales)
- 橙单胞菌科(Aurantimonadaceae)
- 橙单胞菌属(Aurantimonas)
- (Fulvimarina)
- (Martelella)
- 巴通体科(Bartonellaceae)
- 巴通体属(Bartonella)
- (Grahamella)
- (Rochalimaea)
- 拜叶林克氏菌科(Beijerinckiaceae)
- 拜叶林克氏菌属(Beijerinckia)
- (Chelatococcus)
- (Methylocapsa)
- (Methylocella)
- 慢生根瘤菌科(Bradyrhizobiaceae)
- 阿菲波菌属(Afipia)
- 农单胞菌属(Agromonas)
- (Balneimonas)
- 芽生杆菌属(Blastobacter)
- (Bosea)
- 慢生根瘤菌属(Bradyrhizobium)
- 硝化杆菌属(Nitrobacter)
- (Oligotropha)
- (Rhodoblastus)
- 红假单胞菌属(Rhodopseudomonas)
- 布鲁氏菌科(Brucellaceae)
- 布鲁氏菌属(Brucella)
- (Crabtreella)
- (Daeguia)
- 支动菌属(Mycoplana)
- 苍白杆菌属(Ochrobactrum)
- (Pseudochrobactrum)
- 黏着杆菌科(Cohaesibacteraceae)
- 黏着杆菌属(Cohaesibacter)
- 生丝微菌科(Hyphomicrobiaceae)
- (Ancalomicrobium)
- (Angulomicrobium)
- 水杆菌属(Aquabacter)
- 芽绿菌属(Blastochloris)
- (Devosia)
- (Dichotomicrobium)
- (Filomicrobium)
- (Gemmiger)
- 生丝微菌属(Hyphomicrobium)
- (Methylorhabdus)
- 土微菌属(Pedomicrobium)
- 突柄微菌属(Prosthecomicrobium)
- 红微菌属(Rhodomicrobium)
- (Rhodoplanes)
- (Seliberia)
- 甲基杆菌科(Methylobacteriaceae)
- (Meganema)
- 甲基杆菌属(Methylobacterium)
- (Microvirga)
- (Protomonas)
- 甲基孢囊菌科(Methylocystaceae)
- (Albibacter)
- 甲基孢囊菌属(Methylocystis)
- (Methylopila)
- (Methylosinus)
- (Pleomorphomonas)
- (Terasakiella)
- 叶杆菌科(Phyllobacteriaceae)
- (Aminobacter)
- (Aquamicrobium)
- (Defluvibacter)
- (Hoeflea)
- 中慢生根瘤菌属(Mesorhizobium)
- (Nitratireductor)
- 叶杆菌属(Phyllobacterium)
- (Pseudaminobacter)
- 根瘤菌科(Rhizobiaceae)
- 土壤杆菌属(Agrobacterium)
- 异根瘤菌属(Allorhizobium)
- 嗜碳菌属(Carbophilus)
- 螯合杆菌属(Chelatobacter)
- 剑菌属(Ensifer)
- (Kaistia)
- 韧皮杆菌属(Liberibacter)*
- 根瘤菌属(Rhizobium)
- 中华根瘤菌属(Sinorhizobium)
- 红菌科(Rhodobiaceae)
- (Anderseniella)
- (Parvibaculum)
- 红菌属(Rhodobium)
- 玫瑰螺菌属(Roseospirillum)
- 黄色杆菌科(Xanthobacteraceae)
- (Ancylobacter)
- (Azorhizobium)
- (Labrys)
- (Pseudolabrys)
- (Starkeya)
- 黄色杆菌属(Xanthobacter)
- 科未定
- (Sneathiella)
- 橙单胞菌科(Aurantimonadaceae)
- 红杆菌目(Rhodobacterales)
- 生丝单胞菌科(Hyphomonadaceae)
- (Hirschia)
- 生丝单胞菌属(Hyphomonas)
- (Maricaulis)
- (Oceanicaulis)
- (Robiginitomaculum)
- 红杆菌科(Rhodobacteraceae)
- (Ahrensia)
- (Albidovulum)
- (Amaricoccus)
- (Antarctobacter)
- (Catellibacterium)
- (Citreicella)
- (Citreimonas)
- (Dinoroseobacter)
- (Donghicola)
- (Gemmobacter)
- (Haematobacter)
- (Jannaschia)
- (Ketogulonicigenium)
- (Labrenzia)
- (Leisingera)
- (Loktanella)
- (Maribius)
- (Marinovum)
- (Maritimibacter)
- (Methylarcula)
- (Nereida)
- (Nesiotobacter)
- (Oceanibulbus)
- 海洋生菌属(Oceanicola)
- (Octadecabacter)
- (Palleronia)
- (Pannonibacter)
- 副球菌属(Paracoccus)
- (Pelagibaca)
- (Phaeobacter)
- 假红杆菌属(Pseudorhodobacter)
- (Pseudovibrio)
- (Rhodobaca)
- 红杆菌属(Rhodobacter)
- (Rhodothalassium)
- 小红卵菌属(Rhodovulum)
- (Roseibacterium)
- (Roseibium)
- (Roseicyclus)
- (Roseinatronobacter)
- (Roseisalinus)
- (Roseivivax)
- 玫瑰杆菌属(Roseobacter)
- (Roseovarius)
- (Rubellimicrobium)
- (Rubrimonas)
- (Ruegeria)
- (Sagittula)
- (Salipiger)
- (Shimia)
- (Silicibacter)
- (Staleya)
- (Stappia)
- (Sulfitobacter)
- (Tateyamaria)
- (Thalassobacter)
- (Thalassobius)
- (Thalassococcus)
- (Thioclava)
- 硫球形菌属(Thiosphaera)
- (Wenxinia)
- 木洞菌属(Woodsholea)
- 杨氏菌属(Yangia)
- 生丝单胞菌科(Hyphomonadaceae)
- 红螺菌目(Rhodospirillales)
- 醋杆菌科(Acetobacteraceae)
- 醋杆菌属(Acetobacter)
- (Acidicaldus)
- 嗜酸菌属(Acidiphilium)
- 酸球形菌属(Acidisphaera)
- 酸胞菌属(Acidocella)
- 酸单胞菌属(Acidomonas)
- (Asaia)
- (Belnapia)
- 脆弱球菌属(Craurococcus)
- 葡糖醋杆菌属(Gluconacetobacter)
- 葡糖杆菌属(Gluconobacter)
- (Granulibacter)
- (Kozakia)
- 鼠球菌属(Muricoccus)
- (Neoasaia)
- (Paracraurococcus)
- 红球状菌属(Rhodopila)
- (Rhodovarius)
- 玫瑰球菌属(Roseococcus)
- 玫瑰单胞菌属(Roseomonas)
- (Rubritepida)
- (Saccharibacter)
- (Stella)
- (Swaminathania)
- (Teichococcus)
- (Zavarzinia)
- 红螺菌科(Rhodospirillaceae)
- 固氮螺菌属(Azospirillum)
- (Conglomeromonas)
- (Defluviicoccus)
- (Inquilinus)
- 磁螺菌属(Magnetospirillum)
- (Phaeospirillum)
- (Rhodocista)
- 红螺旋菌属(Rhodospira)
- 红螺菌属(Rhodospirillum)
- 红弧菌属(Rhodovibrio)
- 玫瑰螺旋菌属(Roseospira)
- (Skermanella)
- (Telmatospirillum)
- (Thalassospira)
- (Tistrella)
- 醋杆菌科(Acetobacteraceae)
- 立克次体目(Rickettsiales)
- 无形体科(Anaplasmataceae)
- (Aegyptianella)
- 无形体属(Anaplasma)
- (Cowdria)
- 埃里希体属(Ehrlichia)
- 新立克次体属(Neorickettsia)
- 沃巴赫体属(Wolbachia)
- (Xenohaliotis)*
- 全孢菌科(Holosporaceae)
- 全孢菌属(Holospora)
- 立克次体科(Rickettsiaceae)
- (Orientia)
- 立克次体属(Rickettsia)
- SAR 11群*
- 远洋杆菌属(Pelagibacter)*
- 科未定
- (Lyticum)
- (Odyssella)*
- (Pseudocaedibacter)
- (Symbiotes)
- (Tectibacter)
- 无形体科(Anaplasmataceae)
- 鞘脂单胞菌目(Sphingomonadales)
- 赤杆菌科(Erythrobacteraceae)
- (Altererythrobacter)
- 赤杆菌属(Erythrobacter)
- 赤微菌属(Erythromicrobium)
- 紫杆菌属(Porphyrobacter)
- 鞘脂单胞菌科(Sphingomonadaceae)
- 芽单胞菌属(Blastomonas)
- 柠檬酸微菌属(Citromicrobium)*
- 赤单胞菌属(Erythromonas)
- 新鞘脂菌属(Novosphingobium)
- (Sandaracinobacter)
- (Sandaracinorhabdus)
- 鞘脂菌属(Sphingobium)
- 鞘脂单胞菌属(Sphingomonas)
- (Sphingopyxis)
- (Sphingosinicella)
- 发酵单胞菌属(Zymomonas)
- 赤杆菌科(Erythrobacteraceae)
- 目未定
- (Albimonas)
- (Caenispirillum)
- (Insolitispirillum)
- (Novispirillum)
[编辑] β-变形菌纲(Betaproteobacteria)
- 伯克氏菌目(Burkholderiales)
- 产碱菌科(Alcaligenaceae)
- 无色杆菌属(Achromobacter)
- (Advenella)
- 产碱菌属(Alcaligenes)
- (Azohydromonas)
- 博德氏菌属(Bordetella)
- (Brackiella)
- (Castellaniela)
- 德克斯氏菌属(Derxia)
- (Kerstersia)
- (Oligella)
- (Pelistega)
- (Pigmentiphaga)
- (Pusillimonas)
- (Sutterella)
- (Taylorella)
- (Tetrathiobacter)
- 伯克氏菌科(Burkholderiaceae)
- 伯克氏菌属(Burkholderia)
- (Chitinimonas)
- (Cupriavidus)
- (Lautropia)
- (Limnobacter)
- (Pandoraea)
- (Paucimonas)
- (Polynucleobacter)
- 青枯菌属(Ralstonia)
- (Thermothrix)
- 沃特氏菌属(Wautersia)
- 丛毛单胞菌科(Comamonadaceae)
- 食酸菌属(Acidovorax)
- (Alcycliphilus)
- (Brachymonas)
- (Caenibacterium)
- (Caldimonas)
- 丛毛单胞菌属(Comamonas)
- (Curvibacter)
- 代尔夫特菌属(Delftia)
- (Diaphorobacter)
- (Giesbergeria)
- 噬氢菌属(Hydrogenophaga)
- (Hylemonella)
- (Lampropedia)
- (Macromonas)
- (Malikia)
- (Ottowia)
- (Pelomonas)
- (Polaromonas)
- (Ramlibacter)
- 红育菌属(Rhodoferax)
- (Schlegelella)
- (Simplicispira)
- 贪食菌属(Variovorax)
- (Xenophilus)
- 草酸杆菌科(Oxalobacteraceae)
- (Collimonas)
- (Duganella)
- (Herbaspirillum)
- (Herminiimonas)
- (Janthinobacterium)
- (Massilia)
- (Naxibacter)
- (Oxalicibacterium)
- 草酸杆菌属(Oxalobacter)
- (Telluria)
- (Undibacterium)
- 科未定
- (Aquabacterium)
- (Aquincola)
- (Ideonella)
- 纤发菌属(Leptothrix)
- (Methylibium)
- (Mitsuaria)
- (Paucibacter)
- (Roseateles)
- 红长命菌属(Rubrivivax)
- (Sphaerotilus)
- (Tepidicella)
- (Tepidimonas)
- (Thiobacter)
- 硫单胞菌属(Thiomonas)
- (Xylophilus)
- 产碱菌科(Alcaligenaceae)
- 嗜氢菌目(Hydrogenophilales)
- 嗜氢菌科(Hydrogenophilaceae)
- 嗜氢菌属(Hydrogenophilus)
- (Petrobacter)
- (Tepidiphilus)
- 硫杆状菌属(Thiobacillus)
- 嗜氢菌科(Hydrogenophilaceae)
- 嗜甲基菌目(Methylophilales)
- 嗜甲基菌科(Methylophilaceae)
- (Methylobacillus)
- 嗜甲基菌属(Methylophilus)
- (Methylotenera)
- (Methylovorus)
- 嗜甲基菌科(Methylophilaceae)
- 奈瑟菌目(Neisseriales)
- 奈瑟菌科(Neisseriaceae)
- (Alysiella)
- (Andreprevotia)
- 水螺菌属(Aquaspirillum)
- (Aquitalea)
- (Bergeriella)
- (Chitinibacter)
- (Chitinilyticum)
- 色杆菌属(Chromobacterium)
- (Conchiformibius)
- (Deefgea)
- 艾肯氏菌属(Eikenella)
- (Formivibrio)
- (Gulbenkiania)
- (Iodobacter)
- 金氏菌属(Kingella)
- 鸥杆菌属(Laribacter)
- (Leeia)
- (Microvirgula)
- (Morococcus)
- 奈瑟菌属(Neisseria)
- (Paludibacterium)
- (Prolinoborus)
- (Silvimonas)
- (Simonsiella)
- (Uruburuella)
- (Vitreoscilla)
- (Vogesella)
- 奈瑟菌科(Neisseriaceae)
- 亚硝化单胞菌目(Nitrosomonadales)
- 嘉利翁氏菌科(Gallionellaceae)
- 嘉利翁氏菌属(Gallionella)
- 亚硝化单胞菌科(Nitrosomonadaceae)
- 亚硝化叶菌属(Nitrosolobus)
- 亚硝化单胞菌属(Nitrosomonas)
- 亚硝化螺旋菌属(Nitrosospira)
- 螺菌科(Spirillaceae)
- 螺菌属(Spirillum)
- 嘉利翁氏菌科(Gallionellaceae)
- 普罗卡杆菌目(Procabacteriales)*
- 普罗卡杆菌科(Procabacteriaceae)*
- 普罗卡杆菌属(Procabacter)*
- 普罗卡杆菌科(Procabacteriaceae)*
- 红环菌目(Rhodocyclales)
- 红环菌科(Rhodocyclaceae)
- 固氮弓菌属(Azoarcus)
- (Azonexus)
- (Azospira)
- (Azovibrio)
- (Dechloromonas)
- (Dechlorosoma)
- (Denitratisoma)
- (Ferribacterium)
- (Methyloversatilis)
- 丙酸杆菌属(Propionibacter)
- (Propionivibrio)
- (Quatrionicoccus)
- 红环菌属(Rhodocyclus)
- (Shinella)
- (Sterolibacterium)
- 陶厄氏菌属(Thauera)
- (Uliginosibacterium)
- 动胶菌属(Zoogloea)
- 红环菌科(Rhodocyclaceae)
[编辑] δ-变形菌纲(Deltaproteobacteria)
- 蛭弧菌目(Bdellovibrionales)
- (Bacteriovoracaceae)
- (Bacteriovorax)
- (Peredibacter)
- 蛭弧菌科(Bdellovibrionaceae)
- 蛭弧菌属(Bdellovibrio)
- (Micavibrio)
- (Vampirovibrio)
- (Bacteriovoracaceae)
- 脱硫盒菌目(Desulfarculales)
- 脱硫盒菌科(Desulfarculaceae)
- 脱硫盒菌属(Desulfarculus)
- 脱硫盒菌科(Desulfarculaceae)
- 脱硫杆菌目(Desulfobacterales)
- 脱硫杆菌科(Desulfobacteraceae)
- (Desulfatibacillum)
- (Desulfatiferula)
- (Desulfatirhabdium)
- 脱硫杆菌属(Desulfobacter)
- (Desulfobacterium)
- (Desulfobacula)
- (Desulfobotulus)*
- (Desulfocella)
- (Desulfococcus)
- (Desulfofaba)
- (Desulfofrigus)
- (Desulfomusa)
- (Desulfonema)
- (Desulforegula)
- (Desulfosarcina)
- (Desulfospira)
- (Desulfotignum)
- (Desulfobulbaceae)
- (Desulfobulbus)
- (Desulfocapsa)
- (Desulfofustis)
- (Desulfopila)
- (Desulforhopalus)
- (Desulfotalea)
- (Nitrospinaceae)
- (Nitrospina)
- 脱硫杆菌科(Desulfobacteraceae)
- 脱硫弧菌目(Desulfovibrionales)
- (Desulfohalobiaceae)
- (Desulfohalobium)
- (Desulfonatronovibrio)
- (Desulfonauticus)
- (Desulfothermus)
- (Desulfovermiculus)
- (Desulfomicrobiaceae)
- (Desulfomicrobium)
- (Desulfonatronaceae)
- (Desulfonatronum)
- 脱硫弧菌科(Desulfovibrionaceae)
- (Bilophila)
- (Desulfomonas)
- 脱硫弧菌属(Desulfovibrio)
- (Lawsonia)
- (Desulfohalobiaceae)
- 硫还原菌目(Desulfurellales)
- 硫还原菌科(Desulfurellaceae)
- 硫还原菌属(Desulfurella)
- (Hippea)
- 硫还原菌科(Desulfurellaceae)
- 除硫单胞菌目(Desulfuromonadales)
- 除硫单胞菌科(Desulfuromonadaceae)
- 除硫单胞菌属(Desulfuromonas)
- (Desulfuromusa)
- (Malonomonas)
- (Pelobacter)
- 地杆菌科(Geobacteraceae)
- (Geoalkalibacter)
- 地杆菌属(Geobacter)
- (Geopsychrobacter)
- (Geothermobacter)
- (Trichlorobacter)
- 除硫单胞菌科(Desulfuromonadaceae)
- 黏球菌目(Myxococcales)
- 孢囊杆菌亚目(Cystobacterineae)
- 孢囊杆菌科(Cystobacteraceae)
- (Anaeromyxobacter)
- (Archangium)
- 孢囊杆菌属(Cystobacter)
- (Hyalangium)
- (Melittangium)
- (Stigmatella)
- 黏球菌科(Myxococcaceae)
- (Angiococcus)
- (Corallococcus)
- 黏球菌属(Myxococcus)
- (Pyxidicoccus)
- 孢囊杆菌科(Cystobacteraceae)
- 侏囊菌亚目(Nannocystineae)
- (Haliangiaceae)
- (Haliangium)
- (Kofleriaceae)
- (Kofleria)
- 侏囊菌科(Nannocystaceae)
- (Enhygromyxa)
- 侏囊菌属(Nannocystis)
- (Plesiocystis)
- (Haliangiaceae)
- 堆囊菌亚目(Sorangineae)
- 多囊菌科(Polyangiaceae)
- (Byssovorax)
- (Chondromyces)
- (Haploangium)*
- (Jahnella)
- 多囊菌属(Polyangium)
- 堆囊菌属(Sorangium)
- 多囊菌科(Polyangiaceae)
- 孢囊杆菌亚目(Cystobacterineae)
- 互营杆菌目(Syntrophobacterales)
- 互营菌科(Syntrophaceae)
- (Desulfobacca)
- (Desulfomonile)
- (Smithella)
- 互营菌属(Syntrophus)
- 互营杆菌科(Syntrophobacteraceae)
- (Desulfacinum)
- (Desulfoglaeba)
- (Desulforhabdus)
- (Desulfovirga)
- 互营杆菌属(Syntrophobacter)
- (Thermodesulforhabdus)
- 互营菌科(Syntrophaceae)
[编辑] ε-变形菌纲(Epsilonproteobacteria)
- 弯曲菌目(Campylobacterales)
- 弯曲菌科(Campylobacteraceae)
- 弓形杆菌属(Arcobacter)
- 弯曲菌属(Campylobacter)
- (Dehalospirillum)
- 硫磺单胞菌属(Sulfurospirillum)
- 螺杆菌科(Helicobacteraceae)
- 螺杆菌属(Helicobacter)
- (Sulfuricurvum)
- (Sulfurimonas)
- (Sulfurovum)
- (Thiovulum)
- 沃林氏菌属(Wolinella)
- 氢单胞菌科(Hydrogenimonadaceae)
- 氢单胞菌属(Hydrogenimonas)
- 弯曲菌科(Campylobacteraceae)
- (Nautiliales)
- (Nautiliaceae)
- (Caminibacter)
- (Lebetimonas)
- (Nautilia)
- (Nitratifractor)
- (Nitratiruptor)
- (Thioreductor)
- (Nautiliaceae)
[编辑] γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria)
- 酸硫杆状菌目(Acidithiobacillales)
- 酸硫杆状菌科(Acidithiobacillaceae)
- 酸硫杆状菌属(Acidithiobacillus)
- 热硫杆状菌科(Thermithiobacillaceae)
- 热硫杆状菌属(Thermithiobacillus)
- 酸硫杆状菌科(Acidithiobacillaceae)
- 气单胞菌目(Aeromonadales)
- 气单胞菌科(Aeromonadaceae)
- 气单胞菌属(Aeromonas)
- (Oceanimonas)
- (Oceanisphaera)
- (Tolumonas)
- (Zobellella)
- 琥珀酸弧菌科(Succinivibrionaceae)
- 厌氧螺菌属(Anaerobiospirillum)
- 反刍杆菌属(Ruminobacter)
- 琥珀酸单胞菌属(Succinimonas)
- 琥珀酸弧菌属(Succinivibrio)
- 气单胞菌科(Aeromonadaceae)
- 交替单胞菌目(Alteromonadales)
- 交替单胞菌科(Alteromonadaceae)
- (Aestuariibacter)
- (Agarivorans)
- (Alishewanella)
- 交替单胞菌属(Alteromonas)
- (Glaciecola)
- (Marinimicrobium)
- 海杆菌属(Marinobacter)
- 海细菌属(Marinobacterium)
- 产微球茎菌属(Microbulbifer)
- (Saccharophagus)
- (Salinimonas)
- (Colwelliaceae)
- (Colwellia)
- (Thalassomonas)
- (Ferrimonadaceae)
- (Ferrimonas)
- (Paraferrimonas)
- (Idiomarinaceae)
- (Idiomarina)
- (Pseudidiomarina)
- (Moritellaceae)
- (Moritella)
- 假交替单胞菌科(Pseudoalteromonadaceae)
- (Algicola)
- 假交替单胞菌属(Pseudoalteromonas)
- 冷单胞菌科(Psychromonadaceae)
- 冷单胞菌属(Psychromonas)
- 希万氏菌科(Shewanellaceae)
- 希万氏菌属(Shewanella)
- 科未定
- (Teredinibacter)
- (Endobugula)*
- 交替单胞菌科(Alteromonadaceae)
- 心杆菌目(Cardiobacteriales)
- 心杆菌科(Cardiobacteriaceae)
- 心杆菌属(Cardiobacterium)
- (Dichelobacter)
- (Suttonella)
- 心杆菌科(Cardiobacteriaceae)
- 着色菌目(Chromatiales)
- 着色菌科(Chromatiaceae)
- (Allochromatium)
- (Amoebobacter)
- 着色菌属(Chromatium)
- 盐着色菌属(Halochromatium)
- (Isochromatium)
- (Lamprobacter)
- (Lamprocystis)
- (Marichromatium)
- 亚硝化球菌属(Nitrosococcus)
- 芬尼氏菌属(Pfennigia)
- 棍着色菌属(Rhabdochromatium)
- (Rheinheimera)
- 热着色菌属(Thermochromatium)
- 硫碱球菌属(Thioalkalicoccus)
- 硫橄榄菌属(Thiobaca)
- 硫匣菌属(Thiocapsa)
- 硫球菌属(Thiococcus)
- 硫囊菌属(Thiocystis)
- 硫网菌属(Thiodictyon)
- 硫黄球菌属(Thioflavicoccus)
- 硫盐匣菌属(Thiohalocapsa)
- (Thiolamprovum)
- (Thiopedia)
- 硫红球菌属(Thiorhodococcus)
- 硫红弧菌属(Thiorhodovibrio)
- 硫螺菌属(Thiospirillum)
- 外硫红螺旋菌科(Ectothiorhodospiraceae)
- 碱湖生菌属(Alkalilimnicola)
- 碱螺菌属(Alkalispirillum)
- (Aquisalimonas)
- (Arhodomonas)
- (Ectothiorhodosinus)
- 外硫红螺旋菌属(Ectothiorhodospira)
- 盐红螺旋菌属(Halorhodospira)
- (Natronocella)
- 硝化球菌属(Nitrococcus)
- 硫碱螺旋菌属(Thioalkalispira)
- 硫碱弧菌属(Thialkalivibrio)
- 硫红螺旋菌属(Thiorhodospira)
- 颗粒状球菌科(Granulosicoccaceae)
- 颗粒状球菌属(Granulosicoccus)
- 盐硫杆状菌科(Halothiobacillaceae)
- 盐硫杆状菌属(Halothiobacillus)
- (Thiovirga)
- 着色菌科(Chromatiaceae)
- 肠杆菌目(Enterobacteriales)
- 肠杆菌科(Enterobacteriaceae)
- (Arsenophonus)
- (Brenneria)
- 布赫纳氏菌属(Buchnera)
- (Budvicia)
- 布丘氏菌属(Buttiauxella)
- (Calymmatobacterium)
- 西地西菌属(Cedecea)
- 柠檬酸杆菌属(Citrobacter)
- (Dickeya)
- 爱德华氏菌属(Edwardsiella)
- 肠杆菌属(Enterobacter)
- 欧文氏菌属(Erwinia)
- 埃希氏菌属(Escherichia) (包含大肠杆菌)
- (Ewingella)
- 哈夫尼菌属(Hafnia)
- 克雷伯氏菌属(Klebsiella)
- 克吕沃氏菌属(Kluyvera)
- (Leclercia)
- (Leminorella)
- (Levinea)
- (Moellerella)
- (Morganella)
- (Obesumbacterium)
- 泛菌属(Pantoea)
- (Pectobacterium)
- (Phlomobacter)*
- (Photorhabdus)
- 邻单胞菌属(Plesiomonas)
- (Pragia)
- 变形杆菌属(Proteus) (注:或译作“变形菌属”,此处把“变形菌”一词留给Proteobacteria)
- 普罗维登斯菌属(Providencia)
- (Rahnella)
- (Raoultella)
- 糖杆菌属(Saccharobacter)
- 沙门氏菌属(Salmonella)
- (Samsonia)
- 沙雷氏菌属(Serratia)
- 志贺氏菌属(Shigella)
- (Sodalis)
- (Tatumella)
- (Thorsellia)
- (Trabulsiella)
- (Wigglesworthia)
- 致病杆菌属(Xenorhabdus)
- 耶尔辛氏菌属(Yersinia) (包含鼠疫杆菌)
- (Yokenella)
- 肠杆菌科(Enterobacteriaceae)
- 军团菌目(Legionellales)
- 柯克斯体科(Coxiellaceae)
- (Aquicella)
- 柯克斯体属(Coxiella)
- 立克次小体属(Rickettsiella)
- 军团菌科(Legionellaceae)
- (Fluoribacter)
- 军团菌属(Legionella)
- (Sarcobium)
- (Tatlockia)
- 柯克斯体科(Coxiellaceae)
- 甲基球菌目(Methylococcales)
- 甲基球菌科(Methylococcaceae)
- 甲基杆菌属(Methylobacter)
- 甲基暖菌属(Methylocaldum)
- 甲基球菌属(Methylococcus)
- 甲基盐菌属(Methylohalobius)
- 甲基微菌属(Methylomicrobium)
- 甲基单胞菌属(Methylomonas)
- 甲基八叠球菌属(Methylosarcina)
- (Methylosoma)
- 甲基球形菌属(Methylosphaera)
- 甲基热菌属(Methylothermus)
- 甲基球菌科(Methylococcaceae)
- 海洋螺菌目(Oceanospirillales)
- 食碱菌科(Alcanivoraceae)
- 食碱菌属(Alcanivorax)
- (Fundibacter)
- (Kangiella)
- 河氏菌科(Hahellaceae)
- (Endozoicomonas)
- 河氏菌属(Hahella)
- (Halospina)
- (Zooshikella)
- 盐单胞菌科(Halomonadaceae)
- (Carnimonas)
- 色盐杆菌属(Chromohalobacter)
- (Cobetia)
- (Deleya)
- 盐单胞菌属(Halomonas)
- (Halotalea)
- (Halovibrio)
- (Modicisalibacter)
- (Salicola)
- (Volcaniella)
- 发酵杆菌属(Zymobacter)
- 岸生菌科(Litoricolaceae)
- 岸生菌属(Litoricola)
- 海洋螺菌科(Oceanospirillaceae)
- (Amphritea)
- 巴氏发菌属(Balneatrix)
- 海单胞菌属(Marinomonas)
- 海螺菌属(Marinospirillum)
- (Neptuniibacter)
- (Neptunomonas)
- (Nitrincola)
- 海洋杆菌属(Oceanobacter)
- 海洋螺菌属(Oceanospirillum)
- 油螺旋菌属(Oleispira)
- 假螺菌属(Pseudospirillum)
- (Reinekea)
- (Thalassolituus)
- 嗜油菌科(Oleiphilaceae)
- 嗜油菌属(Oleiphilus)
- 糖螺菌科(Saccharospirillaceae)
- 糖螺菌属(Saccharospirillum)
- 食碱菌科(Alcanivoraceae)
- 巴斯德氏菌目(Pasteurellales)
- 巴斯德氏菌科(Pasteurellaceae)
- 放线杆菌属(Actinobacillus)
- (Aggregatibacter)
- (Avibacterium)
- (Bibersteinia)
- (Gallibacterium)
- 嗜血菌属(Haemophilus)
- (Histophilus)
- (Lonepinella)
- (Mannheimia)
- (Nicoletella)
- 巴斯德氏菌属(Pasteurella)
- (Phocoenobacter)
- (Volucribacter)
- 巴斯德氏菌科(Pasteurellaceae)
- 假单胞菌目(Pseudomonadales)
- 莫拉菌科(Moraxellaceae)
- 不动杆菌属(Acinetobacter)
- (Alkanindiges)
- 布兰汉氏菌(Branhamella)
- (Enhydrobacter)
- 莫拉菌属(Moraxella)
- (Perlucidibaca)
- 冷杆菌属(Psychrobacter)
- 假单胞菌科(Pseudomonadaceae)
- (Azomonas)
- (Azomonotrichon)
- (Azorhizophilus)
- (Azotobacter)
- 纤维弧菌属(Cellvibrio)
- (Chryseomonas)
- (Flavimonas)
- (Mesophilobacter)
- 假单胞菌属(Pseudomonas)
- 根瘤杆菌属(Rhizobacter)
- 皱纹单胞菌属(Rugamonas)
- 蛇形菌属(Serpens)
- 莫拉菌科(Moraxellaceae)
- 咸水球形菌目(Salinisphaerales)
- 咸水球形菌科(Salinisphaeraceae)
- 咸水球形菌属(Salinisphaera)
- 咸水球形菌科(Salinisphaeraceae)
- 硫发菌目(Thiotrichales)
- (Francisellaceae)
- (Francisella)
- 鱼立克次体科(Piscirickettsiaceae)
- (Cycloclasticus)
- (Hydrogenovibrio)
- (Methylophaga)
- 鱼立克次体属(Piscirickettsia)
- (Sulfurivirga)
- (Thioalkalimicrobium)
- (Thiomicrospira)
- 硫发菌科(Thiotrichaceae)
- 无色菌属(Achromatium)
- 贝扎托菌属(Beggiatoa)
- 亮发菌属(Leucothrix)
- 硫杆菌属(Thiobacterium)
- 硫珠菌属(Thiomargarita)
- 硫辫菌属(Thioploca)
- 硫螺旋菌属(Thiospira)
- 硫发菌属(Thiothrix)
- 科未定
- (Caedibacter)
- (Fangia)
- (Francisellaceae)
- 弧菌目(Vibrionales)
- 弧菌科(Vibrionaceae)
- (Aliivibrio)
- 异单胞菌属(Allomonas)
- (Beneckea)
- 链状球菌属(Catenococcus)
- 肠弧菌属(Enterovibrio)
- (Grimontia)
- (Listonella)
- (Lucibacterium)
- 发光杆菌属(Photobacterium)
- (Salinivibrio)
- 弧菌属(Vibrio)
- 弧菌科(Vibrionaceae)
- 黄色单胞菌目(Xanthomonadales)
- 华杆菌科(Sinobacteraceae)
- (Hydrocarboniphaga)
- (Nevskia)
- 华杆菌属(Sinobacter)
- 黄色单胞菌科(Xanthomonadaceae)
- 水单胞菌属(Aquimonas)
- (Arenimonas)
- (Aspromonas)
- (Dokdonella)
- (Dyella)
- (Frateuria)
- (Fulvimonas)
- (Ignatzschineria)
- (Luteibacter)
- (Luteimonas)
- (Lysobacter)
- 假黄色单胞菌属(Pseudoxanthomonas)
- (Rhodanobacter)
- (Silanimonas)
- (Stenotrophomonas)
- 热单胞菌属(Thermomonas)
- 黄色单胞菌属(Xanthomonas)
- (Xylella)
- 华杆菌科(Sinobacteraceae)
- 目未定
- 碱单胞菌属(Alkalimonas)
- (Bowmanella)
- 聚集杆菌属(Congregibacter)*
- (Methylohalomonas)
- (Methylonatrum)
- (Sedimenticola)
- (Solimonas)
- (Thiohalomonas)
- (Thiohalophilus)
[编辑] 螺旋体门(Spirochaetes)
[编辑] 螺旋体纲(Spirochaetes)
- 螺旋体目(Spirochaetales)
- 短螺旋体科(Brachyspiraceae)
- 短螺旋体属(Brachyspira)
- 小蛇菌属(Serpulina)
- 钩端螺旋体科(Leptospiraceae)
- 纤线菌属(Leptonema)
- 钩端螺旋体属(Leptospira)
- (Turneriella)
- 螺旋体科(Spirochaetaceae)
- 疏螺旋体属(Borrelia)
- (Brevinema)
- (Clevelandina)
- (Cristispira)
- (Diplocalyx)
- (Hollandina)
- (Pillotina)
- 螺旋体属(Spirochaeta)
- 密螺旋体属(Treponema)
- 短螺旋体科(Brachyspiraceae)
[编辑] 柔膜菌门(Tenericutes)
注:此处Tenericutes不同于原先基于形态分类的“软壁菌门”,而仅包括支原体及其基于分子演化分类的亲属
[编辑] 柔膜菌纲(Mollicutes)
- 无胆甾原体目(Acholeplasmatales)
- 无胆甾原体科(Acholeplasmataceae)
- 无胆甾原体属(Acholeplasma)
- 植原体属(Phytoplasma)*
- 无胆甾原体科(Acholeplasmataceae)
- 厌氧原体目(Anaeroplasmatales)
- 厌氧原体科(Anaeroplasmataceae)
- 厌氧原体属(Anaeroplasma)
- 无甾醇原体属(Asteroleplasma)
- 厌氧原体科(Anaeroplasmataceae)
- 虫原体目(Entomoplasmatales)
- 虫原体科(Entomoplasmataceae)
- 虫原体属(Entomoplasma)
- 中间原体属(Mesoplasma)
- 螺原体科(Spiroplasmataceae)
- 螺原体属(Spiroplasma)
- 虫原体科(Entomoplasmataceae)
- 支原体目(Mycoplasmatales)
- 支原体科(Mycoplasmataceae)
- (Allobaculum)
- (Eperythrozoon)
- (Haemobartonella)
- 支原体属(Mycoplasma)
- 脲原体属(Ureaplasma)
- 支原体科(Mycoplasmataceae)
- 目未定
- 丹毒丝菌科(Erysipelothrichaceae)
- (Bulleidia)
- 丹毒丝菌属(Erysipelothrix)
- (Holdemania)
- (Solobacterium)
- 丹毒丝菌科(Erysipelothrichaceae)
[编辑] 热脱硫杆菌门(Thermodesulfobacteria)
[编辑] 热脱硫杆菌纲(Thermodesulfobacteria)
- 热脱硫杆菌目(Thermodesulfobacteriales)
- 热脱硫杆菌科(Thermodesulfobacteriaceae)
- (Thermodesulfatator)
- 热脱硫杆菌属(Thermodesulfobacterium)
- 热脱硫杆菌科(Thermodesulfobacteriaceae)
[编辑] 热微菌门(Thermomicrobia)
[编辑] 热微菌纲(Thermomicrobia)
- 热微菌目(Thermomicrobiales)
- 热微菌科(Thermomicrobiaceae)
- 热微菌属(Thermomicrobium)
- 热微菌科(Thermomicrobiaceae)
[编辑] 热袍菌门(Thermotogae)
[编辑] 热袍菌纲(Thermotogae)
- 热袍菌目(Thermotogales)
- 热袍菌科(Thermotogaceae)
- (Fervidobacterium)
- (Geotoga)
- (Marinitoga)
- (Petrotoga)
- (Thermosipho)
- 热袍菌属(Thermotoga)
- 热袍菌科(Thermotogaceae)
[编辑] 疣微菌门(Verrucomicrobia)
[编辑] 丰祐菌纲(Opitutae)
(注:正确形式似应为Opituti)
- 丰祐菌目(Opitutales)
- 丰祐菌科(Opitutaceae)
- 交替球菌属(Alterococcus)
- 丰祐菌属(Opitutus)
- 丰祐菌科(Opitutaceae)
- 紫红球菌目(Puniceicoccales)
- 紫红球菌科(Puniceicoccaceae)
- (Cerasicoccus)
- (Coraliomargarita)
- (Pelagicoccus)
- 紫红球菌属(Puniceicoccus)
- 紫红球菌科(Puniceicoccaceae)
[编辑] 疣微菌纲(Verrucomicrobiae)
- 疣微菌目(Verrucomicrobiales)
- 疣微菌科(Verrucomicrobiaceae)
- (Akkermansia)
- 突柄杆菌属(Prosthecobacter)
- (Rubritalea)
- 疣微菌属(Verrucomicrobium)
- (Xiphinematobacteraceae)*
- (Xiphinematobacter)*
- 疣微菌科(Verrucomicrobiaceae)
[编辑] 门未定
- (Jonquetella)
[编辑] 纤线杆菌纲(Ktedonobacteria)
- 纤线杆菌目(Ktedonobacterales)
- 纤线杆菌科(Ktedonobacteraceae)
- 纤线杆菌属(Ktedonobacter)
- 纤线杆菌科(Ktedonobacteraceae)