2017年8月里番磁链:生物信息学常用基本词汇表(转载)

生物信息学常用基本词汇表(转载)
C
C ( Cytosine)
胞嘧啶
作为碱基的两种嘧啶中的一种。
CAAT box
CAAT 盒
大多数真核启动子具有的一段短序列，其片段模式为 C-A-A-T ， 通常出现在 转录起始位点上游 80 个 核苷酸的地方。许多因子可以与CAAT盒结合 。
carboxy terminus
羧基端
在多肽链中，含有羧酸基团 ( —COOH) 的分子端，对应于基因的 3' - 端。
cDNA （ Complementary DNA ）
cDNA ( 互补 DNA)
通过逆转录酶从 RNA 模板合成的 DNA 。
cDNA library
cDNA 文库
从 mRNA 序列中产生的所有 DNA 序列的集合。这种类型的文库只包含编码蛋白质的 DNA （基因）。
central dogma
中心法则
从基因的核酸序列中提取信息并以此合成蛋白质的过程（ DNA ? RNA ? protein ） 。
character
特征
在 系统发生树中 ， 具有有限状态数的特征。
charged amino acid
带电氨基酸
在一定的生物 pH 值下，带有正电或负电的氨基酸。
chromatin
染色质
在真核生物细胞核内部由大量 DNA 以及与此相关的组蛋白组成的近似均匀混合物。
chromosome
染色体
在原核生物，包含一个细胞基因组的DNA分子称为染色体。在真核生物中，与蛋白质复合在一起、包含大量遗传信息的线型DNA分子。
clone
克隆
无性繁殖，如生物体克隆、基因克隆等。
cloning
克隆
在类染色体载体中插入特定的 DNA 一段，使得它们可以在活细胞中得以保存并复制。
Coding sequence
编码序列
DNA 序列中为蛋白质编码的部分。
Codon
密码子
基因编码部分的三核苷酸组合，对应于一个特定的氨基酸。
Complementary
互补的
（ 1 ）通过氢键连接的核苷酸对（ G 和 C; A 和 T; A 和 U ） ；（ 2 ）核苷酸链的反向平行对。
Computational Molecular Biology
计算分子生物学
主要研究分子生物学数据的分析方法，开发分析工具。
conformation
构象
蛋白质的空间构象。
consensus sequence
一致序列
在两个或多个同源序列的每一个位置上多数出现的核苷酸或氨基酸组成的序列
conserved sequence
保守序列
在进化过程中基本保持不变的核酸与蛋白质序列，它们往往与特定的功能相对应。
Contig
连续交叠群
基因组测序过程中将许多短的序列片段链接成很长的连续片段。
convergent evolution
趋同进化
指相似基因型或表型性状的独立进化。例如 ， 眼睛在各种生物体 （ 如哺乳动物、软体动物以及昆虫 ） 中独立进化 ， 结构各异。
core fold
核心折叠
构成蛋白质空间形状的基本模式。
CpG island
CpG 岛
在 哺乳类动物基因组中的一个 500bp 到 3000bp 的区域 ， 该区域中的二核苷酸 CpG 的含量比其他区域的正常水平要高。通常，与此相关的是真核生物管家基因的启动子区域。
crystal
晶体
由分子的规则排列组成的固体结构。
D
degeneracy
简并性
指某些氨基酸可以被一个以上的三联密码子编码的特性。
denatured protein
变性蛋白质
指蛋白质因为受热作用或者去污剂或尿素等化学作用而失去了正常的三级结构和四级结构的结果。
deoxyribonucleic acid (DNA)
脱氧核糖核酸 （ DNA ）
由相连的核苷酸组成的双链生物二聚体 ， 其核苷酸含有脱氧糖基。DNA是遗传的分子基础。
dipeptide
二肽
由一个肽键连成的两个氨基酸。
disulfide bond
二硫键
二硫键是蛋白质中两个半胱氨酸侧链之间形成的化学键 。
DNA
DNA
参见 脱氧核糖核酸。
domain
域（结构域）
指蛋白质结构中相对独立的、具有特定功能的空间区域。
dot plot
点阵图
对两条序列进行图形化比较的方法。图形中的一系列的斜线对应于序列相似的区域。
dynamic programming
动态规划
一种可以有效地探求一定复杂问题的各种可能的解决方案的程序；它将一个问题合理分解成一些小的子问题，然后利用部分计算解得到最终答案。
生物信息学常用基本词汇表(转载)
A
英 文 名 词
中 文 名 词
解 释
A （ Adenine ）
腺嘌呤
作为碱基的两种嘌呤中的一种。
active site
活化位点
蛋白质三维表面催化作用发生的区域。
alignment
比对
为了确定两个同源核酸或蛋白质序列的累计差异而进行的配对称为比对。
alignment of alignments
比对的比对
即比对的对象不是简单的序列，而是序列的比对。
alleles
等位基因
一个基因的不同版本。
alpha carbon
α 碳
在氨基酸中与侧链（ R- 基团）相连的中心碳原子。
alternative splicing
可变剪接
从一个单独的 hnRNA 生成两个或多个 mRNA 分子的过程。
amino terminus (N-terminal)
氨基端（ N 端）
在一个多肽中，具有自由氨基的分子端，对应于基因的 5'- 端。
anti-parallel
反向平行
表示相反的方向；在双链DNA中，这意味着如果一条链是 5' 到 3' 的，则其互补链 方向 是 3' 到 5' 的。
B
base pair
碱基对
（1）在双链DNA中嘌呤和嘧啶之间的相互作用（特别指A和T之间，G和C之间）；（2）双链DNA序列长度的基本单位。
beta turns
β转角
在反向平行的β折叠片中，当β链反转方向的时候蛋白质内部形成的U型结构
Bioinformatics
生物信息学
应用信息科学的理论、方法和技术，管理、分析和利用生物分子数据。
Biocomputing
生物计算
本书中特指用计算机技术分析和处理生物分子数据。
Basic Local Alignment Search Tool ( Blast)
基本的局部比对搜索工具（ Blast ）
一种常用的序列数据库搜索工具。
blotting and hybridization
印迹和杂交
将分子（通常是核酸分子）从 凝胶转移到膜上，接着用绑定有特定感兴趣的分子的标记探针进行洗脱的过程。
bootstrap test
自举检验
对 置信程度进行量化的检验。
branch and bound method
分支约束法
一种空间搜索方法，通过约束条件减少搜索空间，提高搜索效率。
branches
分支
在 系统发生树中，通过分支连接两个节点。